综合计算工时制和标准工时制的核心区别在于工时计算方式、加班认定规则及适用场景不同，具体分析如下：

1. 工时计算方式不同

   • 标准工时制：以“周”为周期，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过40小时。超出部分即视为加班，需支付加班费。
     
   • 综合计算工时制：以“周、月、季、年”为周期综合计算工作时间（如季度总工时不超过500小时）。周期内总工时未超标的，即使单日工作超8小时，也不视为加班；但超出周期总工时的部分需支付加班费。

2. 加班认定规则不同

   • 标准工时制：
     
     • 工作日加班：支付不低于工资150%的加班费；
       
     • 休息日加班：优先安排补休，无法补休的支付200%加班费；
       
     • 法定节假日加班：支付300%加班费。
       
   • 综合计算工时制：
     
     • 周期内总工时超标：超出部分按150%支付加班费（不区分工作日/休息日）；
       
     • 法定节假日加班：无论周期内总工时是否超标，均需支付300%加班费。

3. 适用场景不同

   • 标准工时制：适用于大多数常规岗位，如办公室文员、销售等。
     
   • 综合计算工时制：需经劳动行政部门审批，适用于工作性质特殊、需连续作业的岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、旅游等行业的从业人员。

实务建议：

• 企业若采用综合计算工时制，需在劳动合同中明确约定周期及计算方式，并报劳动部门审批；
  
• 劳动者若对工时计算有异议，可要求企业出示审批文件及考勤记录，必要时申请劳动仲裁。
  

如有具体行业或岗位的工时问题，可进一步向我咨询。