结论：公司在厂区和矿山上各打一百米的深井是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 是否取得合法审批手续：

   • 合法情况：如果公司在进行深井挖掘前，已经按照相关法律法规的要求，取得了地质矿产主管部门、水行政主管部门等相关部门的审批手续，并获得了相应的许可证或批准文件，那么这种行为是合法的。
   • 违法情况：如果公司未取得相关审批手续，擅自进行深井挖掘，那么这种行为可能构成违法，可能会面临行政处罚，甚至可能承担刑事责任，具体取决于挖掘行为的性质、后果以及相关法律法规的规定。

2. 是否违反水资源保护规定：

   • 合法情况：如果深井挖掘行为符合水资源保护的相关规定，比如没有破坏地下水资源，没有造成水质污染等，那么这种行为是合法的。
   • 违法情况：如果深井挖掘行为违反了水资源保护的相关规定，比如过度开采地下水导致地下水位下降，或者挖掘过程中造成水质污染等，那么这种行为可能构成违法，需要承担相应的法律责任。

3. 是否违反地质环境保护规定：

   • 合法情况：如果深井挖掘行为没有破坏地质环境，比如没有引发地质灾害，没有破坏地质遗迹等，那么这种行为是合法的。
   • 违法情况：如果深井挖掘行为违反了地质环境保护的相关规定，比如挖掘过程中引发了地质灾害，或者破坏了地质遗迹等，那么这种行为可能构成违法，需要承担相应的法律责任。

法律建议：

• 在进行深井挖掘前，公司应充分了解并遵守相关法律法规的规定，确保取得合法的审批手续。
• 公司应咨询专业的地质勘探和水资源保护机构，了解挖掘行为可能对地质环境和水资源造成的影响，并采取相应的预防措施。
• 如果公司不确定挖掘行为是否合法，或者担心可能面临法律风险，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。

可能法律后果：

• 如果公司未经审批擅自进行深井挖掘，可能面临行政处罚，如罚款、责令停止挖掘、恢复原状等。
• 如果挖掘行为造成严重后果，如地质灾害、水质污染等，公司可能还需要承担刑事责任，如构成非法采矿罪、污染环境罪等。

总之，公司在厂区和矿山上各打一百米的深井是否违法，需要结合具体情况和相关法律法规进行综合判断。如果有任何疑问或担忧，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。