在电动自行车与摩托车发生事故，且电动自行车被认定为主责、摩托车为次责的情况下，赔偿问题主要依据双方的责任比例以及实际损失来确定。以下是详细的分析和解答：

1. 赔偿原则：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通事故的赔偿通常按照责任比例进行分担。即主责方承担较大比例的赔偿责任，次责方承担较小比例的赔偿责任。

2. 责任比例与赔偿：

   • 假设电动自行车主责承担70%的责任，摩托车次责承担30%的责任（具体比例可能因地区和案件具体情况而异，此处仅为示例）。
   • 双方需根据各自的责任比例，对事故造成的损失（包括人身伤害和财产损失）进行赔偿。

3. 赔偿项目：

   • 人身伤害赔偿：包括医疗费、护理费、交通费、营养费、住院伙食补助费等为治疗和康复支出的合理费用，以及因误工减少的收入。造成残疾的，还应当赔偿辅助器具费和残疾赔偿金；造成死亡的，还应当赔偿丧葬费和死亡赔偿金。
   • 财产损失赔偿：包括车辆维修费用、物品损失等直接经济损失。

4. 赔偿方式：

   • 双方可以协商确定赔偿金额和方式，如一次性赔偿或分期赔偿。
   • 如果协商不成，可以通过诉讼途径解决，由法院根据双方的责任比例和实际损失判决赔偿金额。

5. 特殊情况：

   • 如果电动自行车或摩托车购买了相关保险（如交强险、商业险等），则保险公司将在保险范围内承担赔偿责任。超出保险范围的部分，再由双方按照责任比例进行分担。
   • 如果事故中存在故意或重大过失行为，可能会影响责任比例的认定和赔偿金额的确定。

行动建议：

• 双方应尽快收集并保存好相关证据，如事故现场照片、医疗记录、维修发票等，以便在协商或诉讼过程中证明自己的损失和责任比例。
• 如果对赔偿问题有争议或无法协商解决，建议及时咨询并委托专业律师处理，以确保自己的合法权益得到保障。

在处理此类事故时，请务必保持冷静和理性，通过合法途径解决争议。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。