在涉及交通事故中机动车、自行车、电动车三方，且机动车负主要责任、自行车负次要责任的情况下，赔偿问题的处理需遵循一系列明确的步骤和规则。以下是对此问题的详细解答：
一、明确责任比例
首先，根据交警部门出具的事故责任认定书，确定机动车、自行车各自的责任比例。通常，机动车负主要责任时，会承担70%-90%的赔偿责任，而自行车作为次要责任方，则承担10%-30%的赔偿责任。具体比例需根据事故实际情况，由法院或双方协商确定。
二、赔偿范围与项目
赔偿范围通常涵盖人身损害赔偿和财产损失赔偿两大类：
人身损害赔偿：包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要营养费等。若事故造成残疾或死亡，还需赔偿残疾赔偿金、残疾辅助器具费、死亡赔偿金以及丧葬费等。
财产损失赔偿：主要涉及车辆维修费、物品损失费以及施救费用等。若车辆灭失或无法修复，则需赔偿相当价值的重置费用。
三、赔偿顺序与流程
交强险赔付：机动车需购买交强险，事故发生后，保险公司将在交强险责任限额内不区分责任比例进行赔偿。目前有责情况下的赔偿限额为：死亡伤残18万元，医疗费用1.8万元，财产损失0.2万元。
超出交强险部分：对于超出交强险责任限额的部分，将按照事故责任比例进行分担。机动车方需承担其责任比例内的赔偿金额，自行车方同样需承担其责任比例内的赔偿金额。
商业险赔偿（如有）：若机动车购买了商业第三者责任险，超出交强险部分的赔偿可由商业险进行补充赔偿。
自行承担：若商业险赔偿不足或未购买商业险，则由责任方按比例自行承担剩余赔偿金额。
协商与诉讼：双方可基于事故责任认定书进行协商，达成赔偿协议。若协商无果，受害方可向法院提起诉讼，要求对方及其保险公司按责任比例进行赔偿。
四、举例说明
假设事故造成自行车驾驶者损失总计5.5万元（医疗费3万元，误工费、护理费等2万元，自行车维修费0.5万元）：
交强险赔偿：保险公司首先赔偿医疗费1.8万元，死亡伤残2万元（若未达到此限额则按实际损失赔偿），财产损失0.2万元，共计4万元。
超出交强险部分：剩余1.5万元，按机动车80%、自行车20%的责任比例分担。机动车方需赔偿1.2万元，自行车方自行承担0.3万元。
五、特别提示
保留证据：在处理事故过程中，务必妥善保留相关证据，如事故责任认定书、医疗费用发票、病历、车辆维修发票等，以便后续赔偿使用。
及时报案与通知保险公司：事故发生后，应立即报警并通知保险公司，以便保险公司及时查勘定损，启动赔偿流程。
寻求专业意见：若对赔偿问题存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或法律机构，以确保自身权益得到妥善维护。
综上所述，在涉及机动车、自行车、电动车三方的交通事故中，明确责任比例、了解赔偿范围与项目、熟悉赔偿顺序与流程是至关重要的。希望以上解答能为您提供有益的参考和指导。