若手机因协助调查被扣押，可按以下步骤处理：

1. 确认扣押主体与程序合法性
   首先需明确扣押手机的主体是否为有权机关（如公安机关、检察院等），并核实其是否依法出具了扣押决定书、扣押清单等法律文书。若扣押程序存在瑕疵（如未出示证件、未制作扣押清单），可依法提出异议，要求返还手机。

2. 了解扣押目的与期限
   根据《刑事诉讼法》第141条，扣押手机通常是为了收集、固定与案件相关的证据（如聊天记录、转账记录等）。需向办案机关确认扣押的具体目的及预计期限。若扣押期限届满（一般不超过30日，特殊情况可延长），可要求解除扣押并返还手机。

3. 配合调查与主张权利

   • 配合义务：若手机内确实存在与案件相关的证据，应如实配合调查，避免因隐匿、销毁证据被追究法律责任。
     
   • 权利主张：若手机内包含与案件无关的个人隐私信息（如照片、视频等），可要求办案机关依法保密或采取技术手段屏蔽无关内容。若手机被非法扣押或超期扣押，可向其上级机关或同级检察院申诉，要求纠正违法行为。

4. 后续处理建议

   • 取回手机：若案件终结或手机不再作为证据使用，可凭扣押决定书、身份证等材料向办案机关申请返还。
     
   • 数据保护：若手机被扣押期间数据被泄露或损坏，可要求办案机关承担相应责任（如赔偿损失）。
     
   • 法律救济：若认为扣押行为严重侵犯合法权益，可依法提起行政诉讼或国家赔偿申请。

提示：若对扣押程序或权利主张存在疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供进一步法律分析。