结论：侵犯著作权超过三千本书，属于严重的侵权行为，可能面临刑事处罚和民事赔偿。具体处理方式需根据侵权行为的性质、情节以及造成的后果等因素综合判断。以下从刑事和民事两个角度进行详细分析：
一、刑事角度
刑事责任认定：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百一十七条的规定，以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行其文字作品、音乐、电影、电视、录像作品、计算机软件及法律、行政法规规定的其他作品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的，构成侵犯著作权罪。
- 侵犯著作权超过三千本书，通常会被视为“违法所得数额较大”或“有其他严重情节”，从而构成犯罪。
刑事处罚：
- 犯侵犯著作权罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；
- 违法所得数额巨大或者有其他特别严重情节的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
量刑情节：
- 在量刑时，法院会考虑侵权行为的持续时间、侵权作品的数量、违法所得的数额、对著作权人造成的损失以及侵权人的认罪态度等因素。
- 侵犯著作权超过三千本书，且违法所得数额较大或造成严重后果的，可能会被判处较重的刑罚。
二、民事角度
民事责任认定：
- 根据《中华人民共和国著作权法》的规定，未经著作权人许可，复制、发行、表演、放映、广播、汇编、通过信息网络向公众传播其作品的，构成侵权行为。
- 侵犯著作权超过三千本书，显然侵犯了著作权人的复制权和发行权，应承担民事责任。
民事赔偿：
- 侵权人应赔偿著作权人因侵权行为所遭受的损失，包括直接损失和间接损失。
- 直接损失通常指著作权人因侵权行为而减少的收入或增加的支出；间接损失则指因侵权行为而导致的著作权人商业信誉的损害、市场份额的减少等。
- 在确定赔偿数额时，法院会考虑侵权作品的数量、侵权行为的性质、情节以及造成的后果等因素。对于侵犯著作权超过三千本书的情况，赔偿数额可能会相对较高。
其他民事责任：
- 侵权人还可能面临停止侵害、消除影响、赔礼道歉等民事责任。
- 如果侵权行为给著作权人造成了严重的精神损害，著作权人还可以要求侵权人承担精神损害赔偿责任。
三、建议与措施
立即停止侵权行为：
- 如果发现自己或他人正在侵犯著作权，应立即停止侵权行为，避免进一步的法律后果。
积极与著作权人协商：
- 在侵权行为发生后，应积极与著作权人协商，寻求和解或达成赔偿协议，以减轻法律责任。
寻求法律帮助：
- 如果对侵权行为的性质、情节以及法律后果存在疑问，或者需要法律帮助来应对侵权指控，应及时咨询专业律师。
总结：侵犯著作权超过三千本书是严重的侵权行为，可能面临刑事处罚和民事赔偿。在处理此类案件时，应综合考虑侵权行为的性质、情节以及造成的后果等因素，并积极采取措施来减轻法律责任。如果你或他人面临此类问题，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律帮助。