针对您提出的“法院拍卖违建厂房评估后税费怎么算”的问题，这确实是一个涉及多个税种和复杂计算的问题。以下是我为您详细整理的解答：
一、卖方需缴纳的税费（针对合法部分，违建部分处理可能不同）
增值税
- 若厂房是在2016年4月30日前取得的，卖方可以选择简易计税方法，应纳税额的计算公式为：（含税销售额÷(1 + 5%)）×5%。
- 若厂房是在2016年5月1日后取得的，则按照一般计税方法，应纳税额的计算公式为：含税销售额÷(1 + 9%)×9%，同时卖方可以抵扣相应的进项税额。
- 特别说明：对于违建部分，由于它本身不具备合法产权，因此在增值税的计算上可能存在争议，具体需根据当地税务部门的解释和规定来确定。
城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加费
- 这三种税费均以增值税额为计税依据。城市维护建设税的税率一般为7%（但纳税人在县城、镇可能有所不同），教育费附加的税率为3%，地方教育附加费的税率为2%。
土地增值税
- 土地增值税的计算涉及增值额和增值率。增值额等于转让房地产收入减去扣除项目金额，增值率则是增值额除以扣除项目金额再乘以100%。
- 根据增值率的不同，土地增值税实行四级超率累进税率，从30%到60%不等。
- 特别说明：对于违建部分，由于其不具备合法产权，因此在土地增值税的计算上可能无法计入扣除项目金额，具体需根据当地税务部门的解释和规定来确定。
企业所得税
- 企业所得税的计算公式为：（转让收入 - 计税基础 - 相关税费）×适用税率。适用税率一般为25%，但符合条件的小微企业可以享受优惠税率。
- 特别说明：对于违建部分的转让收入，企业所得税的处理也可能存在争议，需根据具体情况和当地税务部门的解释来确定。
印花税
- 印花税按照“产权转移书据”税目计算，应纳税额等于拍卖成交价乘以0.05%。
二、买方需缴纳的税费
契税
- 契税的税率通常在3% - 5%之间，具体税率由各地省级人民政府确定。应纳税额等于拍卖成交价乘以适用契税税率。
印花税
- 与卖方相同，买方也需要按照“产权转移书据”税目缴纳印花税，应纳税额等于拍卖成交价乘以0.05%。
其他费用
- 买方可能还需要承担合同印花税、权证印花税、登记费、公证费、交易手续费等其他费用。这些费用的具体金额和承担方可能因地区和政策而异。
三、违建部分的特殊处理
- 合法性认定：首先，违建部分本身不具备合法产权，因此在税费计算上可能存在特殊性。税务部门可能会根据具体情况对违建部分的税费进行单独处理或不予计算。
- 税务风险：购买违建厂房可能存在较大的税务风险。由于违建部分不具备合法产权，未来在转让、抵押或拆迁时可能面临法律障碍和税务问题。
- 建议：在购买违建厂房前，建议您务必咨询当地税务部门或专业律师，了解违建部分的税费处理方式和潜在的法律风险。
四、税费扣缴流程与注意事项
- 法院与税务部门协作：法院会定期将涉税案件裁判文书信息提供给税务部门，税务机关核查后会制作欠税明细表格。
- 税费分配与扣缴：法院会依法确定拍卖款分配顺序，并在执行裁定书中载明税收债务归属。经认定可予清偿的税负，法院会从拍卖价款中预留扣缴或约定由买受人先行垫付。
- 买受人申报税收与过户：买受人需凭借拍卖相关资料申报税收，并办理产权过户手续。在此过程中，务必确保税费缴纳的准确性和合规性。
综上所述，法院拍卖违建厂房的税费计算涉及多个税种和复杂情况。在实际操作中，务必仔细核对各项税费并按时缴纳，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或不确定之处，建议您及时咨询当地税务部门或专业律师以获取准确信息和专业指导。