结论：土地确权到别人名下，但双方经营管理无纠纷，仅通过签订协议而不更改确权登记，这种做法在法律上存在风险，不建议仅依赖协议而不进行确权登记的更改。

详细分析：

1. 确权登记的法律效力：

   • 土地确权登记是法律上确认土地权属的重要程序，具有公示公信的效力。一旦土地确权到某人名下，法律上即认为该人对土地享有相应的权利。
   • 如果土地实际权属与确权登记不符，而仅通过双方签订协议来确认实际权属，这种协议在法律上可能无法对抗善意第三人，也无法直接改变土地的确权登记状态。

2. 协议的法律效力与局限性：

   • 双方签订的协议在内部具有约束力，即对于协议双方而言，协议内容是有效的，双方应遵守协议约定。
   • 然而，协议无法直接改变土地的确权登记，也无法对抗外部第三人。如果未来涉及土地转让、抵押等法律行为，或者发生土地权属纠纷，仅凭协议可能无法充分维护实际权属人的权益。

3. 法律风险与建议：

   • 法律风险：不更改确权登记而仅依赖协议，可能导致实际权属人在法律上处于不利地位。例如，如果确权登记人将土地转让给第三人，实际权属人可能无法追回土地或获得相应赔偿。
   • 建议：为了保障实际权属人的权益，建议尽快办理土地确权登记的更改手续，将土地确权到实际权属人名下。如果因特殊原因无法立即更改确权登记，也应考虑通过法律途径（如诉讼、仲裁等）确认实际权属，并保留相关证据以备不时之需。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 在签订协议时，应明确约定双方的权利义务、土地的实际权属情况、违约责任等内容，以确保协议的明确性和可执行性。
   • 如果可能的话，可以邀请第三方（如村委会、法律顾问等）作为见证人或参与协议签订过程，以增加协议的可信度和法律效力。
   • 定期关注土地确权登记的状态变化，确保及时了解并应对可能出现的法律风险。

总结：虽然双方签订协议可以在一定程度上确认土地的实际权属情况，但无法改变土地的确权登记状态，也无法对抗外部第三人。因此，为了保障实际权属人的权益，建议尽快办理土地确权登记的更改手续。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。