针对您提出的“九座车超员三人怎么处罚”的问题，我将依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，结合车辆性质（营运客车或非营运客车）来详细解答。

首先，我们需要明确超载的定义：超载是指车辆载客或载货超过其核定的额定乘员或载重量。对于九座车而言，超员三人即表示超过了其核定的9人乘员限制，且超员比例达到了33.3%（3/9），这明显超过了20%的界限。

接下来，我们分别讨论营运客车和非营运客车的处罚情况：

一、营运客车的处罚

1. 法律规定：根据《中华人民共和国道路交通安全法》，公路客运车辆（包括公共汽车、营运长途客车等）载客超过额定乘员的，将受到严厉处罚。

2. 罚款：由于超员三人已超过额定乘员20%，根据法律规定，将处以五百元以上二千元以下罚款。

3. 扣留机动车：公安机关交通管理部门将扣留机动车，直至违法状态消除，即超员人员得到妥善安置或车辆恢复至核定载客人数。

4. 记分：驾驶校车、公路客运汽车、旅游客运汽车载人超过核定人数20%以上的，一次记12分，这是非常严厉的记分处罚，旨在强调超载行为的严重性。

二、非营运客车的处罚

1. 法律规定：对于非营运客车（如私家轿车、单位自用客车等），虽然超载的严重性可能略低于营运客车，但同样受到法律的严格规制。

2. 罚款：由于超员三人已超过核定乘员20%，根据法律规定，将处以二百元以上五百元以下罚款。

3. 记分：驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上的，一次记6分，这也是对超载行为的一种严厉警示。

4. 扣留机动车：虽然法规中未明确提及非营运客车超载时的扣留措施，但实际执法中，公安机关交通管理部门有权视情况采取扣留机动车的措施，以消除违法状态并确保道路交通安全。

三、注意事项与总结

• 具体的处罚可能因地区、执法情况等因素而有所不同，但总体原则是一致的，即超载行为将受到法律的严厉制裁。
• 超载行为严重危害道路交通安全，可能导致交通事故和人员伤亡。因此，无论车辆性质如何，都应严格遵守交通法规，避免超载行为。
• 如果在行驶过程中被交警认定为超载，应积极配合执法，按照规定接受处罚，并立即消除违法状态，如安排超员人员换乘其他交通工具或增加车辆等。

综上所述，九座车超员三人将受到严厉的处罚，包括罚款、扣留机动车以及记分等。为了您和他人的安全，请务必遵守交通法规，确保行车安全。