结论：单位欠个人款项，用已登记在个人名下的公车顶账，在法律层面存在一定障碍和风险，不能直接简单实现顶账目的，需分情况处理。具体分析如下：

从车辆产权登记角度

车辆登记在个人名下，从外观形式上看，车辆产权归属于该个人。单位若想用此车顶账，首先要明确车辆的真实产权归属情况。如果车辆实际上是单位出资购买，只是登记在个人名下（这种行为可能存在规避管理规定等情况），单位需要收集能证明车辆实际归属单位的相关证据，比如购车发票、单位财务记账凭证、车辆使用管理记录等。

在有充分证据证明车辆实际产权归单位的情况下，单位和个人可以协商签订以车抵债协议。但即便如此，由于车辆登记在个人名下，在办理车辆过户等手续时，可能会面临税务、交通管理等部门对于交易真实性和合法性的审查。如果审查不通过，可能无法顺利完成过户，也就无法真正实现顶账的法律效果。

从债务抵消法律关系角度

即使车辆产权问题能够解决，以车抵债本质上属于债务抵消的一种方式。根据法律规定，债务抵消需要满足一定条件，如双方互负债务、债务的标的物种类和品质相同等。在单位欠个人款项和以车抵债这种情况下，个人对单位享有债权（要求支付欠款），单位试图以车辆所有权来抵消其对个人的债务。

然而，车辆所有权与货币债务属于不同种类的标的物，严格来说不满足法定抵消的条件。但如果双方协商一致，可以达成合意抵消，即通过签订书面协议的方式，约定单位将车辆交付给个人并办理过户手续，同时双方之间的债权债务关系相应消灭。不过，这种合意抵消也需要确保车辆产权清晰、不存在其他权利限制（如抵押、查封等），否则协议可能无法有效履行。

从税务和合规角度

以车抵债还涉及到税务和合规问题。在车辆过户过程中，可能会产生增值税、个人所得税等税费。对于单位来说，如果车辆视同销售，可能需要缴纳增值税；对于个人来说，接受车辆抵债可能被视为取得收入，需要缴纳个人所得税。

此外，如果车辆原本是公车，存在违规登记在个人名下的情况，还可能面临相关部门的处罚和整改要求。在进行以车抵债操作前，单位和个人需要充分了解并遵守相关税务和合规规定，避免后续产生法律纠纷和经济损失。

建议：单位和个人应先梳理清楚车辆的产权归属情况，收集相关证据。然后，在确保车辆产权清晰、无权利限制且符合税务和合规要求的前提下，签订详细的以车抵债协议，并按照规定办理车辆过户手续。如果在处理过程中遇到问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律指导。