结论：行政判决赔偿过了两年未申请执行，要回赔偿款会面临一定困难，但并非完全没有可能，具体可通过以下几种途径尝试解决。
一、了解申请执行期限的相关规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。这意味着，如果超过了两年期限，原则上法院将不再受理执行申请。但如果有证据证明存在时效中止或中断的情形，如因不可抗力或其他障碍不能行使请求权，或者权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等，那么申请执行期限可能会重新计算。
二、尝试与对方协商
- 直接沟通：你可以尝试与赔偿义务人进行直接沟通，说明你的情况，看对方是否愿意主动履行赔偿义务。这种方式成本较低，且如果对方愿意配合，可以快速解决问题。
- 签订还款协议：如果对方同意赔偿但无法一次性支付，你可以与对方签订还款协议，明确还款金额、期限和方式等，并约定如果对方不按协议履行，你可以采取法律手段追究其责任。
三、寻求法律救济
- 申请恢复执行（如有中止、中断情形）：如果你能提供证据证明存在时效中止或中断的情形，可以向法院申请恢复执行。法院将审查你的证据，并决定是否受理你的执行申请。
- 提起新的诉讼（如构成新债权）：如果赔偿义务人明确表示拒绝履行赔偿义务，且你无法提供时效中止或中断的证据，你可以考虑提起新的诉讼，主张赔偿义务人构成新的违约或侵权行为，从而形成新的债权。但这种方式需要你有充分的证据证明对方存在新的违约或侵权行为，且可能面临较高的诉讼成本和风险。
- 利用其他法律手段：在某些情况下，你可能还可以利用其他法律手段来维护自己的权益，如申请支付令、提起撤销权之诉等。但具体适用哪种法律手段，需要根据你的具体情况和法律规定来判断。
四、注意事项
- 保留证据：无论采取哪种途径，都要注意保留好相关证据，如行政判决书、申请执行书、沟通记录、还款协议等。这些证据将是你维护自己权益的重要依据。
- 及时行动：虽然超过了两年期限，但你仍应尽快采取行动，以免错过其他可能的救济途径或导致情况进一步恶化。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，建议你咨询专业律师的意见。律师可以根据你的具体情况和法律规定，为你提供更具体、更专业的法律建议和帮助。
五、后续建议
为了避免类似情况再次发生，建议你在未来处理类似法律事务时，注意以下几点：
- 及时申请执行：在获得生效法律文书后，应及时向法院申请执行，以免超过申请执行期限。
- 关注时效问题：在处理法律事务时，要时刻关注时效问题，确保自己的权益不会因时效问题而受损。
- 保留好相关证据：无论处理何种法律事务，都要注意保留好相关证据，以备不时之需。
如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。