结论：章程约定了只退本金的情况下，企业发展基金是否可以退，需结合章程的具体条款、企业发展基金的性质以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 章程条款的明确性：

   • 如果章程中明确规定了企业发展基金在特定条件下（如股东退出、公司解散等）的处理方式，且该条款与“只退本金”的约定不冲突，那么应按照章程的具体规定执行。例如，若章程规定企业发展基金在公司解散时按股东出资比例分配，则即使约定了“只退本金”，在解散时也应按此规定分配企业发展基金。
   • 如果章程中未明确企业发展基金的处理方式，或者规定与“只退本金”存在冲突，则需要进一步分析企业发展基金的性质及相关法律法规。

2. 企业发展基金的性质：

   • 企业发展基金通常属于公司资本的一部分，用于公司的长期发展。如果其性质更接近于资本公积或盈余公积，那么在股东退出或公司解散时，可能并不直接退还给股东，而是按照公司法的规定进行处理。
   • 如果企业发展基金是通过特定方式（如股东额外出资、公司盈利留存等）形成，且章程或相关协议中明确规定了其可退还性，那么在符合条件时，应退还给相关方。

3. 相关法律法规的适用：

   • 根据《公司法》及相关司法解释，公司资本的处理需遵循法定程序和原则。如果章程中的“只退本金”约定违反了法律法规的强制性规定（如损害债权人利益、违反资本维持原则等），则该约定可能无效。
   • 在处理企业发展基金时，还需考虑是否涉及税务问题、是否需要履行特定的审批或登记程序等。

法律建议：

• 首先，仔细审查公司章程中关于企业发展基金和股东退出的相关条款，明确双方的权利和义务。
• 其次，咨询专业财务或税务人员，了解企业发展基金的性质、税务处理及可能涉及的审批程序。
• 最后，如果章程条款存在模糊或冲突之处，或者涉及复杂的法律问题，建议寻求专业法律意见，以确保处理方式的合法性和合规性。

可能后果：

• 如果处理不当，可能引发股东之间的纠纷，甚至涉及法律诉讼。
• 违反法律法规的强制性规定可能导致相关条款无效，进而影响公司的正常运营和股东的权益。

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