企业有劳动仲裁的案件，在一般情况下，不会直接影响其申请高新技术企业（高企）的认定，但可能间接影响企业的整体形象和信誉，从而在特定情境下对高企申请产生一定影响。以下从不同角度进行详细分析：
一、直接法律影响分析
高企认定标准：
- 高新技术企业的认定主要依据《高新技术企业认定管理办法》及相关规定，其核心标准包括企业核心自主知识产权、科技成果转化能力、研究开发组织管理水平、成长性指标等。
- 劳动仲裁案件本身并不直接涉及这些认定标准，因此，从法律条文的角度来看，劳动仲裁案件不会直接影响高企的认定。
法律程序独立性：
- 劳动仲裁是解决企业与员工之间劳动争议的一种法律程序，其结果主要影响企业与员工之间的权利义务关系。
- 高企认定则是科技部门对企业技术创新能力的一种评价，两者在法律程序上是独立的，互不干扰。
二、间接影响分析
企业形象与信誉：
- 虽然劳动仲裁案件不会直接影响高企认定，但频繁的劳动争议或不良的劳动仲裁结果可能损害企业的形象和信誉。
- 在高企认定过程中，评审专家可能会考虑企业的整体运营状况，包括劳动关系的和谐程度。如果企业存在大量劳动争议或不良记录，可能会给评审专家留下负面印象，从而间接影响高企的认定。
财务状况与研发投入：
- 劳动仲裁案件可能导致企业需要支付赔偿金、律师费等额外费用，从而影响企业的财务状况。
- 如果企业因劳动仲裁案件而面临财务压力，可能会减少在研发方面的投入，进而影响科技成果转化能力和研究开发组织管理水平等高企认定指标。
三、建议与措施
积极应对劳动仲裁：
- 企业应积极应对劳动仲裁案件，通过合法途径维护自身权益，避免不必要的损失。
- 同时，企业应加强内部管理，完善劳动规章制度，减少劳动争议的发生。
保持研发投入与财务健康：
- 企业应确保在研发方面的持续投入，提高科技成果转化能力和研究开发组织管理水平。
- 同时，企业应保持良好的财务状况，确保有足够的资金支持高企认定相关的各项活动。
关注企业形象与信誉建设：
- 企业应注重自身形象与信誉的建设，通过积极履行社会责任、参与公益活动等方式提升社会认可度。
- 在高企认定过程中，企业可以主动向评审专家展示自身在劳动关系和谐、社会责任履行等方面的积极表现。
总结来说，企业有劳动仲裁的案件在一般情况下不会直接影响其申请高企的认定，但可能通过影响企业形象、信誉、财务状况和研发投入等方面间接影响高企的认定。因此，企业应积极应对劳动仲裁案件，保持研发投入与财务健康，并关注企业形象与信誉的建设。如有任何法律疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。