企业实行特殊工作制后12小时两班倒是否违法，需结合具体情况判断，主要涉及工时制度、工作时间、休息休假及加班工资支付等多个方面。以下是对此问题的详细分析：
一、工时制度类型与法律规定
标准工时制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
- 若企业未经批准，擅自实行12小时两班倒，导致劳动者工作时间超过法定标准，则构成违法。
综合计算工时工作制：
- 对于因生产特点不能实行标准工时制的岗位，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。
- 在此制度下，其综合计算工作时间周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间（如以月为周期，约为176小时）。
- 若12小时两班倒导致周期内工作时间总和超标，超出部分应视为延长工作时间，企业需依法支付加班费；未超标则不违法。
不定时工作制：
- 此制度下无固定上下班时间限制，因此单纯的12小时两班倒不能直接认定违法。
- 但企业仍需确保职工的休息休假权利得到保障，如安排合理的休息时间等。
二、工作时间与加班工资支付
工作时间限制：
- 即使实行特殊工时制，企业也应遵守每日和每周的工作时间限制，确保劳动者有足够的休息时间。
- 12小时两班倒若导致劳动者连续工作时间过长，可能违反工作时间限制，构成违法。
加班工资支付：
- 若劳动者的工作时间超过了法定标准，企业必须按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。
- 具体为：延长工作时间支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日工作且不能安排补休的支付不低于工资的200%；法定休假日工作的支付不低于工资的300%。
- 若企业未支付加班工资，则构成违法。
三、特殊情况下的延长工作时间
- 在特定情况下，如因生产经营需要并经过工会和劳动者同意，企业可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下，每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
- 12小时两班倒若超出上述限制，且未经过法定程序（如与工会和劳动者协商），则构成违法。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 若企业违反劳动法规定，实行12小时两班倒，可能面临行政处罚（如警告、罚款）、民事赔偿（如支付加班费、经济补偿金）等法律后果。
- 在极端情况下，如果企业的违法行为达到刑事犯罪的程度，相关责任人员可能承担刑事责任。
建议：
- 企业应仔细评估是否符合实行特殊工时制的条件，并确保获得必要的审批。
- 在实行12小时两班倒时，应合理安排工作时间和休息时间，确保劳动者有足够的休息和恢复时间。
- 依法支付加班工资，保障劳动者的合法权益。
- 劳动者应密切关注自己的工作时间和权益保障情况，如有疑问或发现权益受损，应及时向我咨询以维护自身合法权益。
综上所述，企业实行特殊工作制后12小时两班倒是否违法，需结合具体的工时制度、工作安排以及是否依法支付加班费等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。