违反《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十九条的处理方式需根据具体违法情形及后果严重程度，结合行政处罚、民事赔偿及刑事责任三个维度综合判定。以下为具体分析：

一、行政处罚层面

根据《招标投标法实施条例》第二十九条，该条款主要规范招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。若违反该条款，行政机关可依据《招标投标法》第五十一条或《招标投标法实施条例》第六十三条实施处罚：

1. 责令改正：要求招标人立即停止违法行为，修改招标文件或资格预审文件中的歧视性条款。
2. 罚款：对招标人处1万元以上5万元以下的罚款；若为中央投资项目，罚款幅度可能更高（如处10万元以上50万元以下罚款）。
3. 对直接责任人员处罚：若违法行为涉及单位直接负责的主管人员或其他责任人员，可对其处单位罚款数额5%以上10%以下的罚款。
4. 其他措施：若违法行为导致中标无效，行政机关可宣布中标结果无效，并责令重新招标。

二、民事赔偿层面

若潜在投标人因招标人的歧视性行为遭受损失（如投标费用、预期利润等），可依据《民法典》第一百八十六条或《招标投标法》第五十四条要求招标人承担民事赔偿责任。赔偿范围包括：

1. 直接损失：如购买招标文件费用、差旅费、编制投标文件费用等。
2. 间接损失：如因错过其他投标机会导致的预期利润损失（需举证证明因果关系）。

三、刑事责任层面

若违法行为情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。例如：

1. 串通投标罪：若招标人与投标人串通，损害国家、集体或第三人利益，可能触犯《刑法》第二百二十三条，处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
2. 滥用职权罪/玩忽职守罪：若行政机关工作人员在招标过程中滥用职权或玩忽职守，可能触犯《刑法》第三百九十七条，处三年以下有期徒刑或拘役；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。

四、实务建议

1. 招标人：应严格审查招标文件，避免设置与项目无关的资格条件（如要求特定地区业绩、特定品牌设备等），确保公平竞争。
2. 投标人：若遭遇歧视性待遇，可先向行政监督部门（如发改委、住建部门）投诉，要求查处违法行为；若损失较大，可同步提起民事诉讼。
3. 行政机关：在查处违法行为时，应重点审查招标文件、评标报告等书面材料，并听取潜在投标人的陈述申辩，确保处罚程序合法。

提示：具体处理需结合违法事实、证据材料及地方性法规进一步分析。若有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合实务经验提供针对性建议。