结论：合作经营的股份及收益权若被法院认定为借贷关系转让，合同是否可按双方约定的款项执行，需根据具体情况判断，主要包括合同性质认定、双方约定合法性及是否存在其他影响合同执行的因素。以下从不同角度详细分析：
一、合同性质认定对执行的影响
若法院明确认定为借贷关系：
- 在此情况下，合同的主要义务将围绕借款的返还和利息的支付展开。若双方约定的款项（如本金、利息等）符合法律法规的规定，且不存在欺诈、胁迫等无效情形，那么合同通常可以按照双方约定的款项执行。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于借款合同的规定，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若合同被认定为借贷关系，则应遵循借款合同的相关规定。
若法院认定存在其他法律关系或合同性质存疑：
- 如果法院认为合同并非单纯的借贷关系，而是包含其他法律关系（如合作经营、股权转让等），或者对合同性质存在疑问，那么合同的执行可能会受到更多因素的影响。
- 在这种情况下，法院可能会要求双方提供更多证据来证明合同的真实性质，或者根据合同的实际履行情况、双方的真实意思表示等因素来综合判断合同的性质和执行方式。
二、双方约定合法性对执行的影响
约定合法且明确：
- 如果双方约定的款项合法且明确，包括本金、利息、还款期限等关键条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么合同通常可以按照约定执行。
- 示例：双方约定借款本金为100万元，年利率为10%，借款期限为一年。若这些条款合法且明确，且不存在其他影响合同执行的因素，那么借款人应按照约定返还本金并支付利息。
约定违法或不明确：
- 如果双方约定的款项违法（如高利贷）或不明确（如利息约定模糊），那么合同的执行可能会受到限制或调整。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于借款合同利率的规定，禁止高利放贷，借款的利率不得违反国家有关规定。若双方约定的利率超过法定上限，法院可能会对超出部分不予支持。
三、其他影响合同执行的因素
合同履行情况：
- 如果合同已经部分或全部履行，且双方对履行情况无异议，那么合同的执行可能会受到履行情况的影响。例如，如果借款人已经支付了部分利息，法院可能会在判决时考虑这一因素。
双方协商变更：
- 在合同执行过程中，如果双方协商一致对合同条款进行变更，且变更后的条款合法有效，那么合同的执行将按照变更后的条款进行。
不可抗力或情势变更：
- 如果因不可抗力或情势变更导致合同无法履行或履行变得不公平，双方可以协商变更或解除合同。若协商不成，法院可能会根据具体情况判决变更或解除合同。
建议：在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决。在诉讼过程中，应提供充分证据证明合同的真实性质、双方的真实意思表示以及约定的合法性等关键事实。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。