针对您提出的“有宅基地证的永久性基本农田怎么办”的问题，首先需要明确的是，宅基地证与永久性基本农田在土地性质和用途上存在根本性的区别。宅基地主要用于农村居民住宅建设，而永久性基本农田则是国家为保障粮食安全而划定的特定区域，其土地性质为农用地，且受到严格的保护。

1. 宅基地证与永久性基本农田的冲突处理：

   • 若您持有的宅基地证上的土地被错误地划入了永久性基本农田范围，您应尽快向当地土地管理部门或农业农村部门反映情况，并提供相关证明材料，如宅基地证、土地权属证明等，以便相关部门进行核实和更正。
   • 若您的宅基地确实与永久性基本农田存在重叠或冲突，且该重叠或冲突是由于历史遗留问题或行政区划调整等原因造成的，您可能需要通过法律途径来维护自己的合法权益。在此情况下，建议您咨询专业律师，以便根据您的具体情况制定合适的法律策略。

2. 法律政策解读：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》等相关法律法规，永久性基本农田实行严格保护制度，任何单位和个人不得擅自改变其性质和用途。
   • 对于宅基地的使用，也应遵守相关法律法规和当地政策的规定，不得擅自扩大宅基地面积或改变其用途。

3. 建议与措施：

   • 若您面临宅基地与永久性基本农田的冲突问题，建议您首先通过行政途径寻求解决，如向当地土地管理部门或农业农村部门申请更正或调整。
   • 若行政途径无法解决问题，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，包括提起行政诉讼或申请行政复议等。
   • 在此过程中，建议您保留好所有相关证据和文件，以便在需要时提供证明。

综上所述，对于“有宅基地证的永久性基本农田怎么办”的问题，您应根据具体情况采取合适的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。