超过诉讼时效抗辩的含义是：当权利人向义务人主张权利时，若该权利已超过法律规定的诉讼时效期间，义务人有权提出拒绝履行义务的抗辩。这一抗辩一旦成立，权利人虽不丧失实体权利，但将丧失通过司法途径强制义务人履行义务的胜诉权。
一、诉讼时效与抗辩的基本概念
诉讼时效：是指权利人在一定期间内不行使权利，即在一定程度上丧失请求利益的时效制度。其目的在于督促权利人及时行使权利，维护社会交易秩序的稳定。在我国，一般的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
超过诉讼时效抗辩：是一种被动抗辩权，仅当权利人提起诉讼或仲裁请求时，义务人方可提出。此抗辩不能单独作为诉讼请求或反诉来提出，且人民法院不会主动适用诉讼时效的规定。
二、超过诉讼时效抗辩的法律依据
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定：
第一百八十八条：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。
第一百九十二条：诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。若义务人同意履行或已自愿履行，则不得以诉讼时效期间届满为由抗辩。
第一百九十三条：人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。
三、超过诉讼时效抗辩的适用范围与行使方式
适用范围：诉讼时效抗辩主要适用于债权请求权，包括合同之债、侵权之债、无因管理之债、不当得利之债等。但不适用于请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；请求支付抚养费、赡养费或扶养费；以及依法不适用诉讼时效的其他请求权。
行使方式：义务人通常需在一审期间提出诉讼时效抗辩。若一审期间未提出，二审期间提出的，除非基于新证据能证明对方请求权已过诉讼时效，否则人民法院不予支持。当事人未按规定提出诉讼时效抗辩，之后以诉讼时效期间届满为由申请再审或提出再审抗辩的，人民法院同样不予支持。
四、超过诉讼时效抗辩的法律效果
抗辩成立：若法院确认诉讼时效期间已届满且义务人提出了有效的抗辩，权利人虽仍享有实体权利，但丧失了胜诉权，即法院不会强制义务人履行义务。例如，甲借给乙1万元，约定还款期届满后三年零一个月才起诉，乙提出抗辩且被法院认可，则乙无需再偿还该笔借款。
抗辩不成立：若抗辩不被法院认可，如因存在诉讼时效中断、中止等法定情形，被告仍需按法律规定和合同约定履行义务。
五、实际应用中的注意事项
及时行使权利：权利人应在诉讼时效期间内及时行使权利，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
合理运用抗辩权：义务人在面对权利人的请求时，应仔细审查是否已超过诉讼时效期间，并合理运用抗辩权来维护自己的合法权益。
注意特殊情形：在某些特定情况下，如存在诉讼时效中断、中止等法定情形时，诉讼时效期间可能会重新计算或延长。因此，在判断是否已超过诉讼时效期间时，应充分考虑这些特殊情形。
总结：超过诉讼时效抗辩是民事诉讼中的一项重要制度，它既保护了义务人的合法权益，也促进了社会交易秩序的稳定和公正。在实际应用中，当事人应充分了解并合理运用这一制度，以维护自身的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。