针对您提出的“做包装有印刷的侵权商标怎么办”这一问题，这确实是一个涉及法律风险的严肃话题。我将从明确侵权定义、处理步骤、以及预防措施三个方面，为您详细解答。
一、明确商标侵权的定义
首先，需要明确的是，商标侵权指的是未经商标注册人许可，在同一种商品或服务上使用与其注册商标相同或近似的标识，且这种使用容易导致消费者混淆的行为。在包装上印刷侵权商标，无疑属于这一范畴，因此必须严肃对待。
二、处理步骤
立即停止侵权行为：
- 一旦发现包装上印刷了侵权商标，应立即停止所有相关印刷活动，防止侵权行为的持续发生和损失的进一步扩大。
收集并保留证据：
- 全面收集证明侵权行为存在的证据，包括但不限于订单、合同、设计稿、印刷样品、业务往来记录等。这些证据将有助于您在后续的法律程序中证明自己的立场。
评估自身情况：
- 如果您是印刷厂，且确实不知情地印刷了侵权商标，那么您需要证明自己已经履行了合理的审查义务，如要求委托方提供商标注册证书、授权使用证明等文件，并在业务操作过程中未发现商标侵权的明显迹象。
与委托方沟通：
- 尽快与委托方进行沟通，了解其商标的来源和授权情况。如果委托方不能提供有效证明，您有权依据合同要求其承担侵权责任，并赔偿因此给您造成的损失。
寻求专业法律帮助：
- 咨询专业的知识产权律师，了解自己的法律地位和应对策略。律师将根据您的具体情况，给出专业的法律建议，帮助您更好地应对法律风险。
配合官方调查：
- 如果商标权利人或相关执法部门介入调查，您应当积极配合，如实提供所需信息和证据。这有助于您展示自己的合作态度，并可能在一定程度上减轻法律责任。
考虑和解或诉讼：
- 根据实际情况，您可以考虑与商标权利人进行和解，以达成双方都能接受的解决方案。如果和解无望，您也可以选择通过司法途径来维护自己的权益，如提起民事诉讼或应对可能的刑事诉讼。
三、预防措施
加强商标审查：
- 在未来承接业务时，务必对委托方提供的商标相关文件进行严格审查，确保商标的合法性和有效性。
完善合同条款：
- 在合同中明确约定商标使用的授权范围和责任划分，以避免因商标问题引发的法律纠纷。
提高法律意识：
- 加强员工对商标法等相关法律法规的培训和学习，提高整个团队的法律意识和风险防范能力。
综上所述，处理包装上印刷侵权商标的问题需要您立即停止侵权行为、收集并保留证据、评估自身情况、与委托方沟通、寻求专业法律帮助、配合官方调查，并考虑和解或诉讼等途径。同时，您也需要加强商标审查、完善合同条款和提高法律意识等预防措施，以避免类似问题的再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。