核心结论：股东投资款未备注注册资本金被追缴时，需根据具体情况采取不同处理方式，主要包括与相关方协商沟通、收集证据证明投资性质、寻求法律救济等途径。以下是详细分析：

一、明确投资款的性质

1. 确认是否为增资或股权转让款
   • 如果该投资款实际上是用于增加公司注册资本的增资款，或者是对其他股东股权的受让款，那么从法律本质上讲，它应该被计入公司的注册资本或股权结构调整中。即使当时未备注注册资本金，也不改变其性质。
   • 例如，公司召开股东会决议增资，股东按照决议缴纳了款项，虽然转账时未备注，但有股东会决议、公司财务记录等证据可以证明其增资性质。
2. 区分于借款或其他往来款
   • 要判断该投资款是否与借款或其他往来款项混淆。如果股东与公司之间存在其他经济往来，如借款给公司用于临时资金周转，那么这笔款项就不应被视为注册资本金。
   • 比如，股东与公司签订了借款合同，约定了借款金额、期限和利息等条款，这种情况下，该款项就是借款，与注册资本金无关。

二、与相关方协商沟通

1. 与公司协商
   • 股东应首先与公司进行沟通，说明投资款的真实用途和性质，提供相关的证据材料，如投资协议、股东会决议、公司财务记录等，争取公司的理解和认可。
   • 例如，股东可以与公司一起梳理财务账目，明确该投资款在公司财务中的记录情况，协商如何进行正确的账务处理和注册资本金的变更登记。
2. 与其他股东协商
   • 如果涉及增资或股权结构调整，还需要与其他股东进行协商，取得他们的同意和支持。因为增资或股权转让需要经过股东会决议，并且可能影响其他股东的股权比例和权益。
   • 比如，召开股东会，向其他股东详细介绍投资款的情况，讨论如何完善相关手续，确保公司的股权结构和注册资本金符合法律规定。

三、收集证据证明投资性质

1. 投资协议
   • 如果有书面的投资协议，协议中应明确约定投资款的金额、用途、出资方式、股权比例等重要条款。这是证明投资款性质的关键证据。
   • 例如，投资协议中明确约定股东以货币出资XX万元，用于增加公司注册资本，占公司股权的XX%，那么即使转账时未备注，也可以依据投资协议证明其性质。
2. 公司财务记录
   • 公司的财务账目、会计凭证等记录可以反映投资款的收支情况和用途。股东可以要求公司提供相关的财务资料，作为证明投资款性质的证据。
   • 比如，公司的会计凭证中记录了该投资款的收入，并注明了是股东增资款，那么这就是有力的证据。
3. 股东会决议
   • 如果是增资或股权转让，通常需要经过股东会决议。股东会决议是公司股东对公司重大事项作出决策的书面文件，具有法律效力。
   • 例如，股东会决议中明确通过了增资方案，同意股东缴纳增资款，那么该决议可以作为证明投资款性质和合法性的依据。

四、寻求法律救济

1. 行政途径
   • 如果公司拒绝配合办理注册资本金的变更登记等手续，股东可以向公司登记机关反映情况，请求公司登记机关进行调查和处理。
   • 例如，股东可以向当地的市场监督管理部门提交相关证据材料，说明投资款的情况和公司的违规行为，要求市场监督管理部门责令公司改正。
2. 民事诉讼
   • 如果通过协商和行政途径无法解决问题，股东可以考虑通过民事诉讼的方式维护自己的合法权益。股东可以以公司为被告，提起股东出资纠纷诉讼，要求公司确认其股东资格和出资份额，并办理相关的变更登记手续。
   • 比如，股东向法院提交投资协议、股东会决议、财务记录等证据，证明自己已经履行了出资义务，要求法院判决公司确认其股东身份和出资比例，并办理工商变更登记。