在速裁程序中，若被告人作为证人已供出主谋，案件的处理方式需结合具体证据和法律程序综合判断，可能存在以下两种情形：

1. 若被告人（证人）的证言真实且经查证属实
   根据《刑事诉讼法》第55条，证据需达到“确实、充分”标准。若被告人作为证人的陈述与其他证据（如物证、电子数据、同案犯供述等）形成完整证据链，且能排除合理怀疑，则主谋可能被依法追诉。此时：

   • 主谋的处理：公安机关将立案侦查，检察机关审查后可能提起公诉，法院根据证据认定其是否构成犯罪及量刑。
     
   • 原被告人的处理：若其证言属实且无其他犯罪行为，原案件可能因证据变化进入普通程序重新审理，或检察机关可能撤回起诉；若其本身涉及其他犯罪，需另案处理。

2. 若被告人（证人）的证言存在矛盾或无法查证
   若其证言缺乏其他证据印证，或存在伪证嫌疑（如为减轻自身责任而虚构主谋），则可能面临以下后果：

   • 伪证罪的追责：根据《刑法》第305条，在刑事诉讼中作虚假证明的，可能被处3年以下有期徒刑或拘役。若其证言被认定为伪证，将单独构成伪证罪，与原案件数罪并罚。
     
   • 证据效力否定：法院可能排除该证言，原案件继续按速裁程序审理，或因证据不足转为普通程序补充侦查。

关键程序节点提示：

• 速裁程序适用于可能判处3年以下有期徒刑、事实清楚且被告人认罪认罚的案件。若证人证言导致案件事实复杂化，可能不再符合速裁条件，需转为普通程序。
  
• 证人（包括被告人）的证言需经庭审质证，由控辩双方交叉询问，法官综合判断其真实性。
  

建议：
若您或当事人涉及此类情况，需立即梳理所有证据材料（如证人证言、录音录像、书面记录等），并委托律师介入。律师可协助分析证据效力、申请调取关键证据或提出排除非法证据申请，以最大限度维护合法权益。如有进一步细节需要讨论，可直接向我咨询。