结论：个人承包工程时，甲方一般不能随意扣除规费、税金及措施项目费，但具体能否扣除需依据合同约定及法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同具有法律约束力：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，如果合同中明确约定了甲方可以扣除规费、税金及措施项目费的具体情形和条件，且这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么甲方在符合约定条件的情况下是可以扣除的。
合同未约定或约定不明：如果合同中没有明确约定甲方可以扣除规费、税金及措施项目费，或者约定不明确，那么甲方一般不能随意扣除。在这种情况下，如果甲方主张扣除，需要承担举证责任，证明其扣除的合理性和合法性。
二、法律规定角度
规费和税金：规费和税金通常是工程成本的一部分，由承包方承担并计入工程总价。根据相关法律法规，甲方一般不能随意扣除承包方已经计入工程总价的规费和税金。除非合同中有特别约定，或者存在法律法规规定的特殊情形（如承包方存在违约行为等）。
措施项目费：措施项目费是指为完成工程项目施工，发生于该工程施工前和施工过程中非工程实体项目的费用。这部分费用通常也是工程成本的一部分，由承包方根据施工方案和实际需要提出，并经甲方审核确认后计入工程总价。因此，甲方一般也不能随意扣除措施项目费。
三、实际操作建议
审查合同条款：在签订工程承包合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于费用扣除的约定。确保合同条款明确、具体，避免产生歧义和纠纷。
保留相关证据：在施工过程中，承包方应保留好与规费、税金及措施项目费相关的证据材料，如发票、支付凭证、施工方案等。以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
协商解决纠纷：如果发生费用扣除方面的纠纷，双方应首先尝试通过协商解决。协商不成的，可以寻求第三方调解或依法向人民法院提起诉讼。
进一步思考：在实际操作中，甲方扣除规费、税金及措施项目费的情况可能比较复杂，涉及合同约定、法律法规、工程实际情况等多个方面。因此，在处理这类纠纷时，需要综合考虑各种因素，确保处理结果的合法性和合理性。如果您在个人承包工程过程中遇到甲方扣除费用的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。