非法营运行为主要由县级以上道路运输管理机构负责管理和处罚，交警部门在特定情况下会予以协助，但并非主要管理机构。以下是对这一问题的详细分析：

一、非法营运的定义与性质

非法营运是指未依法取得营运权而擅自从事道路运输经营的行为，即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件或超越核定范围进行经营。这种行为不仅扰乱了正常的道路运输市场秩序，还可能对乘客的安全构成严重威胁。

二、各部门职责分工

1. 交警部门：

   • 主要职责是维护道路交通秩序，保障道路交通安全，处理交通事故等与道路通行安全直接相关的事务。
   • 负责查处机动车驾驶员的交通违法行为，如闯红灯、超速、酒驾等。
   • 在执勤过程中，若发现非法营运线索，会进行初步拦截和检查，并可能协助交通运输管理部门进行调查，将车辆和相关人员移交运管部门处理。在特定情形下，如非法营运行为严重扰乱交通秩序或危及公共安全时，交警也有权依据相关法律法规对非法营运行为进行直接处罚。

2. 交通运输部门（道路运输管理机构）：

   • 负责对道路运输市场进行监管，包括非法营运行为的查处。
   • 目的是规范运输市场秩序，保障合法经营者的权益，以及乘客的安全和利益。
   • 负责审核和管理客运车辆、货运车辆的营运资质，监督运输企业和从业人员遵守相关规定。
   • 对于非法营运行为，有权责令停止经营，并依据《中华人民共和国道路运输条例》的规定进行处罚，包括没收违法所得、罚款等。

三、非法营运的执法依据与管理措施

• 相关法律法规：根据《中华人民共和国道路运输条例》的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的行为属于非法营运。
• 处罚措施：
  • 有违法所得的，没收违法所得，并处违法所得2倍以上10倍以下的罚款。
  • 没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款。
  • 构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 管理与执行：由县级以上道路运输管理机构负责责令停止经营，并依据上述规定进行处罚。

四、实际案例与协作情况

在实际执法中，交警部门和交通运输部门经常开展联合执法行动，共同打击非法营运行为。例如，在整治交通秩序的统一行动中，交警部门会配合道路运输管理机构拦截、检查涉嫌非法营运的车辆，确保执法过程的安全和顺畅。同时，如果非法营运车辆同时存在交通违法行为，如超速、闯红灯等，交警可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》对这些交通违法行为进行相应的处罚。

五、建议与总结

为维护道路运输市场的正常秩序和乘客的安全，建议车主严格遵守相关法律法规，不要从事非法营运活动。同时，公众也应积极举报非法营运行为，共同维护良好的交通秩序和市场环境。如果您有关于非法营运或其他交通事故、合同纠纷方面的法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业、全面的法律解答。