消费者有权要求快递公司承担违约责任，并可根据实际损失主张赔偿。具体处理方式及赔偿依据如下：

1. 立即联系快递公司核实情况
   首先需确认快递员擅自标记“已签收”的具体原因（如误操作、系统故障或恶意行为）。消费者应通过官方客服渠道（如官网、APP或电话）要求快递公司：

   • 提供签收底单或签收人信息；
     
   • 说明包裹当前实际状态（如是否已派送、是否退回等）；
     
   • 明确责任归属（如快递员个人行为或公司管理漏洞）。
     法律依据：根据《快递暂行条例》第二十五条，快递公司有义务将包裹交付收件人或其指定代收人，并保存签收凭证。擅自标记签收属于违约行为。

2. 根据损失情况主张赔偿

   • 若包裹未丢失或损坏：消费者可要求快递公司道歉并纠正签收状态（如重新标记为“派送中”或“待签收”），同时可主张因延误产生的合理损失（如生鲜食品变质、紧急用品误用等）。
     
   • 若包裹丢失或损坏：消费者需提供商品价值证明（如购物发票、支付记录等），要求快递公司按《邮政法》第四十七条或《民法典》第五百八十四条赔偿实际损失。若未保价，通常按运费三倍赔偿（但部分快递公司条款可能不同，需结合具体合同）。
     示例：若消费者购买价值500元的商品，快递公司擅自标记签收后包裹丢失，且未保价，消费者可主张赔偿500元（若能证明实际价值）或按快递公司条款协商。

3. 向监管部门投诉或诉讼

   • 若快递公司拒绝处理或赔偿金额不合理，消费者可向邮政管理部门（如国家邮政局申诉网站）投诉，或直接向法院起诉要求赔偿。
     注意：投诉时需提供快递单号、沟通记录、损失证明等材料，以增加维权成功率。

建议行动步骤：

1. 保留所有沟通记录（如聊天记录、通话录音）；
   
2. 拍摄包裹现状照片（如未收到时的空箱、损坏商品等）；
   
3. 优先通过快递公司官方渠道协商，若无效再投诉或诉讼。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。