针对历史遗留的耕地纠纷问题，处理起来确实需要细致且全面的考虑，以下是一些建议性的处理步骤和原则，希望能为您提供一些帮助：

一、明确处理范围和原则

首先，要明确处理的是哪些历史遗留的耕地纠纷问题，这通常包括过去因各种原因（如政策变动、管理疏漏等）导致的耕地权属不清、占用不合理等问题。处理时应遵循“自查为主、重在整改、区别对待”的原则，即在全面清查、摸清底数的基础上，根据不同情况采取相应措施。

二、分类处理

1. 不同时段的土地问题：

   • 对于较早时期的违法违规用地行为，如在新《土地管理法》实施前的，可按照当时的法律法规进行处罚后，依法完善用地手续。
   • 对于新《土地管理法》实施后到特定政策文件下发前的违法违规用地，需区分政府责任和用地单位或个人责任，分别采取相应措施，如政府作书面检查、国土资源管理部门依法处罚等，并在落实相关条件后补办用地手续。
   • 对于特定政策文件下发后的违法违规用地，必须坚持“既处理事、又处理人”的原则，依法从严处理。

2. 经营性用地问题：

   • 对于特定日期前已实施建设的经营性用地，可继续以协议方式供地，补交出让金后补办用地手续。
   • 对于该日期后实施建设的经营性用地，则需依法从严处理后，按市场价格补交出让金并补办用地手续。

3. 耕地占补平衡问题：

   • 对于涉及占用耕地或基本农田的，需由当地政府负责落实耕地占补平衡，确保数量不减少、质量不降低。

4. 土地利用总体规划的调整：

   • 如需调整土地利用总体规划，应依照规定程序报批，确保规划的合法性和合理性。

三、加强领导与责任落实

1. 政府主导：

   • 各级政府应高度重视历史遗留耕地纠纷问题的处理，成立专门的工作小组或委员会，负责统筹协调、指导监督。

2. 部门协作：

   • 国土资源、农业、林业等相关部门应密切协作，共同推进问题的解决。

3. 责任追究：

   • 对于在处理过程中故意漏报、瞒报、虚报等弄虚作假行为，应严肃处理相关责任人。

四、尊重历史与实事求是

在处理历史遗留耕地纠纷问题时，应尊重历史事实，实事求是地分析问题产生的原因和背景，避免简单粗暴地一刀切处理。同时，要注重保护农民的合法权益，确保处理结果公平合理。

五、建立健全长效机制

为防止类似问题再次发生，应建立健全长效机制，包括完善土地管理制度、加强执法监管、提高公众法律意识等。通过系统综合施策，推动土地管理工作健康发展。

六、具体案例处理建议

对于具体的耕地纠纷案例，建议首先进行详细的调查取证，了解纠纷的来龙去脉和各方诉求。然后，根据相关法律法规和政策规定，结合实际情况提出具体的处理方案。在处理过程中，要注重与当事人的沟通协商，争取达成共识并妥善解决纠纷。

希望以上建议能对您有所帮助。在实际操作中，还需根据具体情况灵活调整处理策略，确保问题得到妥善解决。