结论：如果在进行亲子鉴定时，错误地将父亲的样本拿成了母亲的样本，鉴定机构通常不会出具一份有效的、针对父子关系的鉴定报告，但可能会根据所提供的样本出具一份关于母子关系的鉴定报告（如果这是可行的且符合鉴定流程的话）。不过，具体是否出具报告以及报告的内容，还会受到鉴定机构政策、流程以及实际检测情况的影响。
分析说明：
鉴定原理：
- 亲子鉴定通常基于DNA的相似性来判断亲子关系。在标准的亲子鉴定中，会收集孩子、父亲（或母亲）的DNA样本，通过比对这些样本中的遗传标记来确定是否存在亲子关系。
- 如果错误地将父亲的样本替换为母亲的样本，那么鉴定机构将无法通过比对来确认父子关系，因为母亲和孩子的DNA在遗传上会有部分相似性（来自母亲的遗传物质），但这并不足以证明父子关系。
鉴定机构的政策与流程：
- 不同的鉴定机构可能有不同的政策和流程来处理样本错误或样本不足的情况。
- 有些机构可能会在发现样本错误后立即通知客户，并要求重新提供正确的样本。
- 有些机构可能会根据所提供的样本出具一份关于母子关系的鉴定报告（如果这是客户所要求的且技术上可行的话），但这并不解决原问题中的父子关系鉴定需求。
实际检测情况：
- 在某些情况下，即使提供了错误的样本，鉴定机构也可能进行部分检测，但这些检测结果将无法用于确认父子关系。
- 如果鉴定机构决定不出具报告或出具一份不完整的报告，这通常是因为他们无法根据所提供的样本得出准确、可靠的结论。
特殊场景：
- 如果客户原本就同时要求进行母子关系和父子关系的鉴定，并且提供了孩子、父亲和母亲的样本，但错误地将父亲的样本标记为母亲的样本（或反之），那么鉴定机构在发现错误后可能会要求客户确认样本身份，并重新进行正确的鉴定。
- 在某些特殊情况下，如果母亲样本的提供对于排除某些遗传疾病或确认某些遗传特征是必要的，那么即使主要目的是鉴定父子关系，母亲样本的检测也可能成为鉴定过程的一部分。但这并不改变原问题中关于父子关系鉴定的核心。
建议与行动：
- 如果您在进行亲子鉴定时遇到了样本错误的问题，应立即联系鉴定机构，说明情况并询问如何补救。
- 根据鉴定机构的指导，您可能需要重新提供正确的样本或进行其他必要的步骤来完成鉴定。
- 在整个过程中，保持与鉴定机构的沟通是非常重要的，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
如果您在亲子鉴定或其他婚姻家庭法律方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。