结论：公司间保密协议的违约金上限并非固定不变，而是需根据法律规定、实际损失、违约行为性质与情节、行业惯例、市场行情以及双方支付能力等多方面因素综合确定。一般而言，司法实践中常用以判断违约金是否“过分高于”损失的标准是不超过造成损失的百分之三十，超出部分可能被视为不合理，违约方有权请求调整。
详细分析：
法律依据与原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。但约定的违约金应合理，不得过分高于或低于实际损失。若约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
违约金确定的考量因素：
- 实际损失：违约金的首要考量因素是违约行为给对方造成的实际经济损失。公司需证明因对方违反保密协议导致的具体损失，如客户流失、销售额下降、研发投入无法收回等，以此作为确定违约金数额的基础。
- 违约行为的性质和情节：故意泄露商业秘密的严重违约行为，相较于过失或无意的轻微泄露，将面临更高的违约金。法院会依据违约行为的恶劣程度及对公司造成的实际影响来调整违约金数额。
- 行业惯例与市场行情：不同行业对商业秘密的保护需求不同，高科技、金融等行业因商业秘密价值高，其保密协议的违约金可能相对较高。同时，市场行情也会影响违约金的设定，以反映当前的市场环境和行业标准。
- 双方支付能力：违约金的数额还需考虑违约方的经济状况和支付能力。过高的违约金可能导致违约方无法履行，引发其他法律问题。因此，法院会根据违约方的支付能力对违约金进行合理调整。
- 协议约定与过错程度：保密协议中明确约定的违约金数额或计算方式应得到尊重。同时，违约方的过错程度也是确定违约金的重要因素。故意违约或严重违约将承担更重的违约责任。
司法实践中的应用：
- 在司法实践中，无论是违约方还是非违约方，均可通过反诉或抗辩的方式请求法院调整违约金数额。法院将综合考虑上述因素，确保违约金的合理性，既保护守约方的合法权益，又避免对违约方造成过大的经济负担。
法律建议：
- 合理设定违约金：公司在签订保密协议时，应合理设定违约金数额，既要确保对商业秘密的有效保护，又要避免过度惩罚违约方。可以参考行业惯例、市场行情以及违约方的支付能力等因素进行设定。
- 明确违约情形与法律责任：保密协议中应明确违约情形及法律责任，包括违约金的数额或计算方法。这有助于减少后期纠纷，提高协议的可执行性。
- 及时寻求法律援助：若在保密协议履行过程中遇到违约金数额争议或其他法律问题，公司应及时寻求法律援助，通过合法途径维护自己的权益。
示例说明：
假设两家公司签订了一份保密协议，约定若一方泄露商业秘密，需向对方支付违约金。后因一方故意泄露重要商业秘密，导致对方遭受重大经济损失。在协商违约金数额时，双方可以参考实际损失、违约行为的性质和情节、行业惯例等因素进行设定。若约定的违约金过高，违约方有权请求法院进行调整；若约定的违约金过低，守约方也有权请求法院进行增加。最终，法院将根据具体情况综合判断，确保违约金的合理性和公平性。