公司内部自行制定规章制度进行罚款，在大多数情况下是不合法的，但存在特定例外情形。具体分析如下：

1. 一般原则：罚款权属于行政机关或司法机关
   根据我国《行政处罚法》的规定，罚款属于行政处罚的一种，只有依法享有行政处罚权的行政机关（如市场监管、税务等部门）或司法机关（如法院）才能实施。企业作为民事主体，并不具备行政处罚权，因此无权在规章制度中设定罚款条款。若企业擅自罚款，可能面临被认定为无效条款、返还罚款金额，甚至因侵害劳动者权益被劳动行政部门处罚的风险。

2. 例外情形：特定行业或岗位的“违约金”或“赔偿金”
   若企业规章制度中的“罚款”实质为违约金（如员工违反服务期约定或竞业限制协议）或赔偿金（如员工因故意或重大过失造成企业损失），则可能被法律认可。但需满足以下条件：

   • 程序合法：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商）并公示；
     
   • 内容合理：罚款金额需与实际损失或违约情节相当，不得显失公平；
     
   • 依据明确：需在劳动合同或规章制度中明确约定罚款情形及标准。
     例如：员工因疏忽导致企业设备损坏，企业可依据规章制度要求其赔偿实际损失，但不得以“罚款”名义随意扣减工资。

3. 实践中的常见误区与风险

   • 以罚代管：部分企业通过罚款替代管理（如迟到罚款、未完成业绩罚款），此类规定因缺乏法律依据可能被认定无效；
     
   • 工资扣减限制：即使员工同意罚款，根据《工资支付暂行规定》，企业每月扣减工资不得超过当月工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准；
     
   • 劳动争议风险：若员工对罚款不服，可能引发劳动仲裁或诉讼，企业需承担举证责任，证明罚款的合法性与合理性。

建议：

• 企业若需规范员工行为，可通过绩效考核、奖金调整、解除劳动合同等合法方式实现管理目的；
  
• 若涉及损失赔偿，应保留证据并明确约定赔偿范围，避免以“罚款”名义操作；
  
• 定期审查规章制度，确保符合《劳动合同法》《行政处罚法》等最新规定。
  

如有具体案例或条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。