在开标过程中，如果澄清函逾期未提交，通常意味着投标人可能失去了进一步澄清或解释其投标文件的机会，这可能会对其投标产生不利影响。不过，具体后果还需根据招标文件的规定以及相关法律法规来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、招标文件的规定
澄清函的提交要求：
- 招标文件通常会明确规定澄清函的提交时间、方式和内容要求。如果投标人未能在规定时间内提交澄清函，这通常被视为投标人放弃了澄清的机会。
逾期提交的后果：
- 招标文件可能规定，逾期提交的澄清函将不被接受，或者即使接受也不会对评标结果产生实质性影响。这意味着，投标人可能因此失去解释或修正其投标文件中可能存在的误解或遗漏的机会。
二、相关法律法规
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法规定了招标投标活动的基本原则和程序，包括投标文件的提交、澄清和修改等。虽然该法并未直接规定逾期提交澄清函的具体后果，但强调了招标投标活动的公平、公正和公开原则。
- 如果招标文件的规定与法律法规相冲突，或者招标文件未明确规定逾期提交澄清函的后果，那么应依据法律法规的原则和精神进行判断。
其他相关法律法规：
- 除了《招标投标法》外，还可能涉及《合同法》等相关法律法规。这些法律法规可能间接影响对逾期提交澄清函后果的判断，例如，如果澄清函的内容涉及对投标文件的实质性修改，那么可能需要遵循合同法的相关规定。
三、实际操作中的建议
及时与招标人沟通：
- 如果投标人因特殊原因未能按时提交澄清函，应尽快与招标人取得联系，说明情况并请求给予补交的机会。虽然招标人可能不会总是同意，但沟通至少展示了投标人的诚意和态度。
准备备选方案：
- 在提交投标文件时，投标人应尽可能准备备选方案或解释性材料，以应对可能出现的澄清需求。这样，即使澄清函逾期未提交，投标人也能通过其他方式向招标人展示其投标文件的完整性和合理性。
关注评标结果并准备申诉：
- 如果投标人认为逾期提交澄清函对其投标产生了不公平的影响，应密切关注评标结果，并在必要时准备申诉材料。申诉材料应详细说明逾期提交澄清函的原因、对投标的影响以及请求采取的补救措施等。
总结来说，开标过程中澄清函逾期未提交是一个需要谨慎对待的问题。投标人应仔细阅读招标文件的规定，了解逾期提交澄清函的后果，并在必要时及时与招标人沟通、准备备选方案或关注评标结果并准备申诉。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。