针对您提出的“公司注销后才发现有违法行为，行政处罚主体怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，公司注销并不意味着其法律责任的消失。即使公司已经注销，如果发现其在存续期间存在违法行为，相关责任人和主体仍需根据违法行为的性质承担相应的法律责任，这包括民事责任、行政责任以及刑事责任。
一、行政责任方面
调查与处罚的持续性：
- 公司注销并不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关有权依法对公司及相关责任人作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。
责任追究的对象：
- 即使公司已经注销，行政机关仍然可以追究其法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行政责任。这是因为这些人员在公司运营期间对公司的行为负有直接责任，他们的违法行为不会因公司的注销而免除。
行政处罚的执行：
- 在执行行政处罚时，行政机关可能会面临一些挑战，如公司已注销导致无法直接对公司进行处罚。但行政机关可以通过其他方式，如对相关责任人进行处罚，或者要求相关责任人承担公司应承担的行政责任，来确保行政处罚的有效执行。
二、相关建议
建立健全合规体系：
- 为避免注销后发现违法行为所带来的法律风险，公司和相关人员应在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系。这包括制定和执行严格的内部管理制度，确保公司行为的合法性和合规性。
及时整改与报告：
- 一旦发现违法行为，公司应立即采取措施进行整改，并主动向相关部门报告。通过积极配合行政机关的调查和处理工作，公司可以减轻可能的法律责任，并展示其诚信和负责任的态度。
严格清算程序：
- 在注销过程中，公司应严格按照法律规定进行清算工作，确保通知和公告义务的履行。这有助于避免后续的民事纠纷和法律风险，保护公司和相关责任人的合法权益。
综上所述，公司注销后发现违法行为时，行政机关仍然可以依法对相关责任人进行调查和处罚。因此，公司和相关人员应在运营期间严格遵守法律法规，建立健全的合规体系，并在发现违法行为时及时整改和报告，以减轻可能的法律责任。