违反宪法第41条的处理方式需结合具体行为性质和法律后果综合判断，主要分为以下两种情形：

1. 若违反宪法第41条的行为同时触犯其他法律
   宪法第41条规定公民对国家机关及工作人员的批评、建议、申诉、控告、检举权，以及国家机关查清事实、负责处理的义务。若公民在行使权利时存在捏造事实诽谤他人、伪造证据等行为，可能同时违反《刑法》第243条（诬告陷害罪）、第246条（诽谤罪）或《治安管理处罚法》第42条（诽谤、诬告陷害的行政处罚）。此时需根据具体情节，由司法机关或公安机关依法追究刑事责任或行政责任。例如，若公民通过虚假控告意图使他人受刑事追究，可能构成诬告陷害罪，处三年以下有期徒刑、拘役或管制。

2. 若违反宪法第41条的行为未触犯其他法律，但违反部门规章或内部纪律
   若公民在行使权利时存在程序瑕疵（如未通过法定渠道提交材料），或国家机关工作人员未依法履行查清事实、反馈结果的义务，则可能不涉及刑事或行政责任，但需承担内部纪律处分或程序补正责任。例如，若国家机关工作人员对公民的合法控告未在法定期限内答复，公民可依据《行政监察法》向上级机关申诉，或通过行政复议、行政诉讼等途径维权；若工作人员存在失职行为，可能面临内部警告、记过等处分。

补充说明：宪法第41条的核心是保障公民监督权与规范国家机关履职，其法律后果需结合具体行为是否侵犯他人权益、是否违反其他法律规范综合判断。若您遇到具体案件（如控告后未获答复、被诬告陷害等），可直接向我咨询，我将结合事实细节提供针对性分析。