结论：拼多多是否会因为5000元的赔付金而起诉商家，这并非一个绝对的问题，而是取决于多种因素的综合考量。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同条款与商家行为：

   • 合同条款：首先，需要查看拼多多与商家之间签订的合同或平台规则中，是否有关于赔付金的具体规定。如果合同中明确规定了商家在特定情况下需要支付赔付金，且商家确实违反了这些规定，那么拼多多有权依据合同要求商家支付赔付金。
   • 商家行为：商家是否确实存在违约行为，以及该行为是否导致了拼多多或消费者的实际损失，也是决定拼多多是否会起诉的重要因素。如果商家的行为轻微，且未造成实际损失，拼多多可能会选择通过其他方式（如警告、罚款等）来解决问题，而不是直接起诉。

2. 赔付金金额与诉讼成本：

   • 赔付金金额：5000元的赔付金对于拼多多这样的电商平台来说，可能并不是一个巨大的数额。因此，在决定是否起诉时，拼多多可能会考虑诉讼成本与赔付金金额之间的比例关系。如果诉讼成本远高于赔付金金额，拼多多可能会选择放弃起诉。
   • 诉讼成本：诉讼成本包括律师费、诉讼费、时间成本等。对于拼多多来说，如果起诉商家需要投入大量的人力、物力和财力，而最终获得的赔付金可能并不足以覆盖这些成本，那么起诉可能并不是一个经济合理的选择。

3. 平台策略与商家关系：

   • 平台策略：拼多多作为电商平台，其运营策略可能更倾向于维护平台秩序和消费者权益，而不是通过诉讼来解决问题。因此，在面对商家违约行为时，拼多多可能会选择通过平台规则、罚款、警告等方式来解决问题，以维护平台的良好运营环境。
   • 商家关系：拼多多与商家之间可能存在长期的合作关系。在决定是否起诉时，拼多多可能会考虑起诉对商家关系的影响。如果起诉可能导致商家流失或影响平台声誉，拼多多可能会选择更加温和的处理方式。

4. 法律途径与替代方案：

   • 法律途径：如果拼多多决定通过法律途径来解决问题，它需要准备充分的证据来证明商家的违约行为以及造成的损失。同时，它还需要考虑诉讼的可行性和胜诉的可能性。
   • 替代方案：除了起诉之外，拼多多还可以考虑通过调解、仲裁等替代方案来解决纠纷。这些方案通常更加灵活、高效，且成本较低。

建议：

• 对于商家来说，如果收到拼多多的赔付金要求或面临起诉风险，建议首先仔细审查合同条款和平台规则，了解自己的权利和义务。
• 如果商家认为拼多多的要求不合理或存在争议，可以尝试与拼多多进行协商或寻求第三方调解。
• 如果协商或调解无果，且商家认为自己的权益受到侵害，可以考虑咨询专业律师并准备相应的法律文件来应对可能的诉讼。

后续思考：

• 商家在入驻电商平台时，应仔细阅读并理解合同条款和平台规则，以避免因不了解规则而导致的违约行为。
• 电商平台在制定规则时，应充分考虑商家的利益和平台的运营环境，以维护良好的商家关系和平台声誉。
• 在面对纠纷时，双方应优先考虑通过协商、调解等和平方式来解决问题，以降低诉讼成本和维护双方关系。