论文版权协议并不一定要有盖章才生效，但盖章可以增强协议的法律效力和证明力。以下从不同角度进行详细分析：

1. 协议生效的基本条件：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为（包括签订协议）的有效成立，通常要求行为人具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
   • 对于论文版权协议而言，只要双方（作者与版权转让方或使用方）具备相应的民事行为能力，协议内容是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该协议在双方签字或确认后即具有法律效力，无需必须盖章。

2. 盖章的法律意义：

   • 盖章在法律上通常被视为一种确认行为，可以增强协议的法律效力和证明力。在发生争议时，盖章的协议更容易被法院或仲裁机构认定为双方的真实意思表示，从而作为裁判的依据。
   • 特别是对于公司、机构等法人实体而言，盖章是法人行为的重要表现形式，可以证明该行为是法人所为，而非个人行为。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于个人作者：如果与对方（如出版社、期刊等）签订论文版权协议，且对方要求盖章，而个人作者没有公章，可以考虑使用手印或签字确认的方式。在这种情况下，签字同样具有法律效力，但为了增强证明力，可以附上身份证复印件等身份证明材料。
   • 对于公司或机构：如果作为版权转让方或使用方签订论文版权协议，建议使用公章进行盖章确认。这不仅可以增强协议的法律效力，还可以避免因个人签字可能带来的法律风险。
   • 无论何种情况：都建议双方在签订协议前仔细阅读协议内容，确保协议条款明确、合法、有效。如有需要，可以咨询专业律师进行法律审查。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 如果协议中明确约定了“本协议自双方签字盖章之日起生效”或类似条款，那么在这种情况下，盖章就成为了协议生效的必要条件之一。但即使如此，如果一方已经签字而另一方未盖章，但双方已经实际履行了协议的主要义务（如作者已经交付了论文，对方已经支付了版权费用等），那么该协议仍然可能被认定为有效。

总结与建议：论文版权协议并不一定要有盖章才生效，但盖章可以增强协议的法律效力和证明力。在实际操作中，建议根据双方的具体情况和协议内容来决定是否需要盖章。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。