结论：辞职时，单位一般无权扣留医师执业证。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者解除劳动合同，应当提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。这意味着，劳动者在履行了相应的通知义务后，有权解除劳动合同，并带走自己的个人物品及证件，包括医师执业证。
   • 医师执业证是医师个人职业资格的证明，属于医师的个人财产，单位无权扣留。如果单位扣留，可能构成对劳动者财产权的侵犯。

2. 单位扣留证件的违法性：

   • 单位扣留医师执业证的行为，不仅违反了劳动合同法的规定，还可能违反其他相关法律法规，如《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国侵权责任法》等。这些法律法规均保护劳动者的合法权益，禁止用人单位非法扣留劳动者的个人物品和证件。

3. 应对措施：

   • 如果辞职时单位扣留了医师执业证，劳动者可以首先与单位进行协商，要求单位归还证件。
   • 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助。
   • 劳动者还可以考虑通过法律途径解决，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求单位归还证件并赔偿因此造成的损失。

4. 特殊情况考虑：

   • 在某些特殊情况下，如医师与单位之间存在未了结的债务或纠纷，单位可能会以扣留证件作为谈判的筹码。然而，这种行为仍然是违法的，劳动者不应因此放弃自己的合法权益。
   • 如果医师在离职时与单位签订了相关协议，约定了证件的归还时间和方式，那么双方应按照协议履行。如果单位违反协议，劳动者同样可以采取上述应对措施。

建议：

• 在辞职前，劳动者应提前了解自己的权益和义务，确保在离职过程中不会受到不法侵害。
• 如果遇到单位扣留证件的情况，劳动者应保持冷静，通过合法途径维护自己的权益。
• 有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。