关于公司通过微信发工资的合法性问题，这确实是一个涉及多方面因素的考量。以下是我为您详细梳理的合法性判断依据及注意事项：
一、合法性判断依据
双方协商一致：
- 首要条件是公司与员工之间需要就微信作为工资发放方式达成一致。这种协商一致应当是自愿的，且在实际操作中能够确保工资的准确、及时发放。
符合支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位应以货币形式按月支付给劳动者本人。虽然该规定未明确提及微信等电子支付方式，但只要微信转账满足货币支付的本质要求（即能够即时、无条件地转换为现金或等价物），且不违反其他相关法律法规（如反洗钱规定等），即可视为合法支付方式。
临时应急处理：
- 在特殊情况下，如公司财务系统故障、银行转账受阻等，为确保员工按时收到工资，经与员工沟通并说明情况后，采用微信方式应急发放工资，这种做法通常也是被允许的。但需注意，这应作为临时措施，而非长期或主要的工资发放方式。
二、需要注意的问题与风险
举证困难：
- 若双方未在劳动合同中明确约定工资发放方式为微信转账，一旦发生争议（如工资未按时发放、金额不符等），劳动者可能面临举证困难。因此，建议在劳动合同中明确约定工资支付方式及相关细节，以减少争议风险。
记录有效性：
- 微信转账记录虽然可以作为支付凭证，但易于删除或篡改。为确保其作为法律证据的有效性，劳动者应妥善保存相关聊天记录、转账截图等证据，并考虑定期备份或打印留存。
系统故障风险：
- 微信作为第三方平台，可能存在系统故障或网络延迟等问题，导致工资未能按时发放或出现错误。公司应建立应急预案，如设置备用支付方式、及时通知员工等，以确保在出现问题时能及时处理并恢复工资的正常发放。
税务风险：
- 通过微信发放工资可能不利于税务监管，因为微信转账记录可能不如银行转账记录那样易于追踪和核查。公司需确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。否则，可能面临税务违法问题和相应的处罚。
行业或地区规定：
- 部分特殊行业（如金融、保险等）或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，不能仅通过微信发放工资。同时，不同地区对于工资发放的具体规定也可能有所差异（如是否要求通过银行代发等），公司应遵守当地的相关规定进行工资发放。
三、合法合规性建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式（包括微信支付）、支付时间、支付金额等关键条款，以确保双方权益得到保障。
选择对公账户：
- 为确保税收及社保的合理处理，公司应优先选择通过对公账户发放工资。若确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性，如使用公司官方微信账号进行转账、保留完整的转账记录等。
加强内部管理：
- 公司应建立健全的工资发放管理制度，明确微信发工资的操作流程、审批程序、记录保存等要求，以确保工资发放的合规性和准确性。
综上所述，公司通过微信发工资的合法性需综合考虑多种因素。在确保操作合规、妥善处理可能出现的问题，并充分保障劳动者权益的前提下，微信发工资是可以被视为一种合法的支付方式。但公司应谨慎评估风险，并采取相应的措施来降低风险。