针对您提出的“专家验收合格但工程不合格”这一复杂情况，我们需要从多个维度进行深入分析和处理。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确问题本质与责任归属
首先，我们需要明确“专家验收合格”与“工程不合格”之间的矛盾点。这可能是由于验收过程中的疏忽、专家判断失误，或是工程在验收后出现了新的质量问题。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，工程质量不符合约定时，需明确责任归属。若问题源于施工方的施工工艺或操作规范，施工方应承担修复责任；若因设计缺陷、发包人提供的材料不合格等非施工方原因，则责任应由相应方承担。
二、具体处理步骤
深入调查与沟通：
- 与验收专家进行深入沟通，了解他们验收时的具体标准和判断依据，以及为何在验收时未发现工程存在的问题。
- 同时，组织施工单位、监理单位等责任主体，对工程进行全面检查，确定问题的具体位置、表现形式及严重程度。
质量鉴定与报告：
- 若双方对工程是否合格存在争议，可委托有资质的工程质量检测机构进行鉴定。鉴定结果将作为判断工程是否合格及责任承担的重要依据。
- 根据鉴定结果，形成详细的报告，明确工程存在的问题、责任归属及整改建议。
制定整改方案：
- 根据鉴定报告和整改建议，由施工单位主导制定详细的整改方案。方案应包括具体的整改措施、时间表、责任人以及预期效果等。
- 整改方案需提交给建设单位、监理单位等相关方进行审核，确保方案的合理性和可操作性。
执行整改与监督：
- 施工单位按照审核通过的整改方案，组织施工人员、材料和设备进行整改工作。在整改过程中，要严格遵守施工规范和质量标准。
- 建立监督机制，对整改过程进行跟踪和检查，确保整改措施得到有效执行。同时，及时向建设单位和监理单位报告整改进展情况。
重新验收与后续处理：
- 整改完成后，施工单位应进行全面的自检，确保所有问题均已得到妥善解决。自检合格后，向建设单位提交重新验收申请报告。
- 建设单位收到申请后，应及时组织施工单位、监理单位等各方进行重新验收。若复验通过，则工程可继续后续的交付使用等流程；若仍未通过，则需再次分析原因，重复上述整改和验收的步骤。
三、法律责任与争议解决
- 若因工程不合格导致损失，责任方应赔偿给对方造成的全部损失，包括直接损失和间接损失。赔偿额不得超过违约一方订立合同时预见到的可能损失。
- 若情节严重，施工单位可能面临停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书的处罚。若不合格工程导致重大安全事故，将依法追究责任人员的刑事责任。
- 双方可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。合同中如有仲裁条款，应优先通过仲裁方式解决；无仲裁条款时，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
四、建议与预防措施
- 加强验收流程管理：确保验收过程严格、公正、透明，避免疏忽和判断失误。
- 提高工程质量意识：加强施工单位、监理单位等责任主体的质量意识培训，确保他们严格遵守施工规范和质量标准。
- 建立质量追溯机制：对工程材料、施工过程等进行详细记录，以便在出现问题时能够迅速追溯原因和责任。
- 及时寻求法律支持：如遇复杂的法律问题或纠纷，应及时寻求专业法律支持，以确保自身权益得到保障。
综上所述，面对“专家验收合格但工程不合格”的情况，我们需要明确问题本质与责任归属，制定并执行整改方案，重新验收并妥善处理后续事宜。同时，加强验收流程管理、提高工程质量意识、建立质量追溯机制并及时寻求法律支持，以预防类似问题的再次发生。