结论：在股份公司总经理空缺的情况下，副总经理是否代行总经理职权，主要取决于公司章程或相关内部管理制度的规定。若公司章程或制度有明确规定，则按其执行；若无明确规定，则需结合公司实际情况及公司法的一般原则进行判断。
分析说明：
公司章程或内部管理制度的规定：
- 公司章程是公司的“宪法”，它规定了公司的基本制度和治理结构。如果公司章程中明确规定了总经理空缺时副总经理的代行职权，那么应当遵循公司章程的规定。
- 同样，如果公司有相关的内部管理制度，如《总经理职责及代行制度》等，其中也可能对总经理空缺时的职权代行做出具体规定。
公司法的一般原则：
- 在公司章程或内部管理制度没有明确规定的情况下，我们需要参考公司法的一般原则。公司法并未直接规定总经理空缺时副总经理必须代行职权，但强调了公司治理的灵活性和实际需要。
- 从公司治理的效率和稳定性角度出发，如果总经理空缺，且没有明确的代行规定，那么由副总经理代行总经理职权可能是一种合理的安排，以确保公司运营的连续性和稳定性。然而，这种安排应当基于公司的实际情况和股东会的决议或授权。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，如果总经理空缺，公司应当尽快召开股东会或董事会，根据公司的实际情况和需要，决定是否由副总经理代行总经理职权，或者采取其他措施（如临时任命、外部招聘等）。
- 如果决定由副总经理代行职权，应当明确代行的期限、职责和权限等，以避免后续的纠纷和不确定性。
法律建议：
- 完善公司章程和内部管理制度：为了避免未来可能出现的纠纷和不确定性，建议公司在章程或内部管理制度中明确规定总经理空缺时的职权代行安排。
- 及时召开股东会或董事会：在总经理空缺的情况下，公司应当及时召开股东会或董事会，根据公司的实际情况和需要做出决策。
- 明确代行职权的具体安排：如果决定由副总经理代行总经理职权，应当明确代行的期限、职责和权限等，并形成书面决议或授权文件。
可能后果：
- 如果公司章程或内部管理制度有明确规定而未遵循，可能会引发公司内部的纠纷和诉讼，影响公司的稳定和运营。
- 如果未及时召开股东会或董事会做出决策，或者决策不明确，可能会导致公司治理的混乱和不确定性，进而影响公司的声誉和业务发展。
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