当申请执行人的公司已经注销，而您希望结案时，这确实是一个涉及法律程序和责任主体认定的问题。以下是我为您详细梳理的处理步骤和注意事项：
一、确认公司注销情况
查询工商登记信息：
- 您可以通过国家企业信用信息公示系统或当地工商行政管理部门，核实该公司的注销状态及注销原因，比如是自愿解散还是被吊销营业执照等。
获取注销证明文件：
- 如果可能，尽量获取该公司的注销证明文件，这将有助于您了解注销的具体时间和程序是否合法合规。
二、分析法律责任主体
根据相关法律规定，企业法人解散并注销后，其法律责任的承担需区分两种情况：
公司经过合法清算程序注销：
- 如果公司在注销前已经过合法的清算程序，且没有遗留债务或已妥善处理所有债务，那么原则上公司不再承担法律责任。
- 但若清算过程中存在遗漏债务或欺诈行为，您仍有权追究相关责任人的法律责任。
公司未经合法清算程序注销：
- 在这种情况下，公司的股东、发起人或者出资人可能需要承担连带责任。
- 您可以将这些个人或实体作为被告提起诉讼，要求他们承担原公司的债务。
三、准备结案（或诉讼）材料
收集证据：
- 包括与被执行公司的交易合同、欠款凭证、催款记录等，以及公司注销的相关证明文件。
确定被告：
- 根据公司注销的情况，确定合适的被告。如果是未经合法清算程序注销，应将公司的股东、发起人或者出资人列为被告。
撰写相关文书（若需诉讼）：
- 如果需要通过诉讼来结案，您需要撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由，并提交给有管辖权的人民法院。
四、结案（或执行）流程
若公司已合法清算且无遗留问题：
- 您可与法院沟通，提供公司注销的合法证明及清算报告，申请结案。
若需通过诉讼解决：
- 提交起诉材料：将准备好的起诉材料提交给人民法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
- 法院受理：法院会对起诉材料进行审查，符合立案条件的会予以受理，并通知原告和被告参加诉讼。
- 开庭审理：法院会安排开庭时间，组织双方进行举证、质证和辩论。
- 作出判决：根据庭审情况和法律规定，法院会作出判决，确定被告应承担的法律责任。
- 申请执行：如果被告不履行判决义务，您可以向法院申请执行，要求法院采取强制执行措施。
五、注意事项
及时行动：
- 发现公司注销后应尽快采取行动，以免错过追诉时效或结案的最佳时机。
寻求专业帮助：
- 由于此类案件涉及复杂的法律问题，建议您咨询专业律师的意见和帮助，以确保您的权益得到充分保障。
关注执行风险：
- 即使获得胜诉判决，也可能因被执行人财产状况等原因导致执行困难。因此，在诉讼前或执行过程中，您应尽可能了解被执行人的财产状况，以便制定合理的执行策略。
综上所述，当申请执行人的公司已经注销时，您需要根据公司的注销情况和法律责任主体的认定来采取相应的措施。希望这些建议能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师。