员工上班迟到早退，用人单位在一定条件下是可以扣工资的，但必须遵循合法、合理、透明及公正的原则。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 用人单位有权制定劳动纪律和规章制度，劳动者应遵守劳动纪律和职业道德。若劳动者违反规定，给用人单位造成经济损失，应承担赔偿责任。
- 第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这意味着，除非有法定或约定的理由，否则用人单位不得随意克扣员工的工资。
《工资支付暂行规定》：
- 第十五条规定了用人单位不得克扣劳动者工资的几种情形，但第十六条也明确，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除。不过，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、合法实施条件
公司规章制度明确且公示：
- 用人单位的规章制度必须明确规定迟到早退的处罚措施，包括扣款的金额或比例。
- 规章制度需经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并同意。
扣款合理且有限度：
- 扣款金额或比例应合理，不能过高或过低，应与迟到早退的时间长短、造成的损失大小等因素相匹配。
- 每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
遵循法定程序：
- 在扣款前，公司应进行调查核实，确保员工确实存在迟到早退行为，并听取员工的解释和申辩。
- 扣款后，公司应向员工提供书面的扣款通知，说明扣款的原因、金额和依据。
三、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果员工因不可抗力因素（如突发疾病、交通事故等）导致迟到早退，且能提供相关证明，公司通常不应扣发工资。
公司管理责任：
- 如果公司的考勤管理制度不健全或执行不到位，导致员工迟到早退现象频发，公司应承担一定的管理责任，而不应单纯通过扣工资来解决问题。
四、不合法的情况及后果
未经法定程序制定或未向劳动者公示的规章制度：
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或未向劳动者公示，则不能作为扣款的依据。此时，用人单位若擅自扣款，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动者的法律诉讼。
扣款超出法定限额：
- 如前所述，每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。若用人单位扣款超出此限额，同样可能面临法律责任。
以迟到早退为由恶意克扣工资：
- 用人单位不得以迟到早退为由恶意克扣劳动者工资，损害其合法权益。否则，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
举例说明：
假设某员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若该员工因迟到早退给用人单位造成了一定损失，用人单位按照规章制度决定从其工资中扣除赔偿。那么，根据法律规定，每月最多只能扣除1000元（5000元的20%），且扣除后剩余工资不得低于2000元。因此，若用人单位扣除1000元后，员工剩余工资为4000元，这是合法的；但若用人单位试图扣除1500元，则因超出法定限额而不合法。
总结与建议：
作为劳动者，应了解自己的权利和义务，对不合理的扣款行为有权提出质疑并要求解释。若认为用人单位扣款行为违法或不合理，可先与用人单位沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。而作为用人单位，在制定和执行扣款制度时，应确保制度的合法性、合理性和透明度，避免引发不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。