结论：合同双方签署时，代表人不签字只盖章，合同在大多数情况下仍然是有效的，但具体效力需结合合同内容、双方意思表示以及相关法律法规和合同条款来判断。

法律分析：

1. 合同有效性的基本要素：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，一个合同要有效，必须满足以下条件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
   • 在合同双方签署时，如果代表人（如法定代表人）以公司名义在合同上盖章，这通常被视为公司行为，具有法律效力，能够代表公司的意志和行为。

2. 盖章的法律意义：

   • 盖章是公司作为法人实体的官方标识，用于确认文件的正式性和合法性。在合同上加盖公章，通常意味着公司对合同内容的认可和接受。
   • 然而，并非所有合同都必须盖章才有效。特别是在某些情况下，如合同中明确约定了签字即生效，或者双方交易习惯中认可盖章与签字具有同等效力时，仅盖章也可能使合同生效。

3. 特殊情况下的合同效力：

   • 合同明确约定：如果合同中特别约定了“本合同自双方加盖公章后生效”，那么仅有盖章而代表人未签字，合同通常也是有效的。但反之，如果合同中明确约定了必须签字并盖章才生效，而代表人仅盖章未签字，则合同可能因未满足生效条件而不生效。
   • 超越代表权限：如果能证明代表人盖章时存在超越代表权限等情形，且相对人知道或者应当知道其超越权限的，该代表行为可能无效，合同效力也可能受到影响。但这种情况较为特殊，需要具体证据支持。

4. 实际操作建议：

   • 为避免潜在的纠纷和风险，在实际商业活动中，建议在签订合同时尽量做到签字与盖章同时具备。这不仅可以增强合同的正式性和可信度，还可以减少因合同效力问题而产生的法律争议。
   • 如果合同双方对合同的生效条件有特别约定，应在合同中明确写明，以避免后续产生争议。

示例说明：

假设甲公司与乙公司签订一份货物买卖合同，甲公司代表人在合同上仅加盖了甲公司公章，而未签字。在这种情况下：

• 如果合同中没有特别约定必须签字才生效，且合同内容合法、双方意思表示真实，那么该合同通常是有效的。乙公司按约交付货物，甲公司接收并使用货物，即可视为双方以实际行动履行了合同主要义务。
• 如果合同中特别约定了必须签字并加盖公章才生效，那么此时仅盖章而未签字，合同将尚未生效。双方需按照合同约定完成签字手续，才能使合同生效。

综合判断：

合同双方签署时，代表人不签字只盖章，合同在大多数情况下仍然是有效的。但具体效力需结合合同内容、双方意思表示以及相关法律法规和合同条款来判断。如有任何疑问或需要更具体的法律意见，请直接向我咨询。