对于危害后果轻微、有减轻情形但存在二次商标侵权行为的处罚，需结合具体情节综合判定，通常会在法定处罚幅度内从轻或减轻处罚，但二次侵权会作为加重情节影响最终处罚力度。具体分析如下：

1. 商标侵权的法定处罚依据
   根据《商标法》第六十条，未经商标注册人许可实施侵权行为的，工商行政管理部门可责令立即停止侵权，没收、销毁侵权商品及工具，并根据违法经营额处以罚款：
   

• 违法经营额五万元以下：可处二十五万元以下罚款；
  
• 违法经营额五万元以上：可处违法经营额五倍以下罚款。
  若构成犯罪（如假冒注册商标罪），则需承担刑事责任。

1. “危害后果轻微”的认定与影响
   若侵权行为未造成显著市场混淆、未损害商标声誉，或侵权商品未实际流入市场、销售金额极低，可认定为“危害后果轻微”。此时，行政机关可能根据《行政处罚法》第三十二条，在法定幅度内从轻或减轻处罚（如降低罚款比例、缩短责令整改期限）。

2. “减轻情形”的适用条件
   若存在法定或酌定减轻情节（如主动停止侵权、配合调查、赔偿损失、初犯且情节轻微等），行政机关可进一步减轻处罚。例如：

• 主动消除或减轻危害后果：可能免除部分罚款；
  
• 积极配合调查并提供证据：可能缩短整改期限或降低罚款倍数。

1. “二次侵权”的加重影响
   若行为人曾因商标侵权受过行政处罚或刑事处罚，再次实施侵权行为，即使本次危害后果轻微，行政机关仍可能将其认定为“情节严重”，从而：
   

• 在法定幅度内从重处罚（如按违法经营额较高倍数罚款）；
  
• 若构成犯罪，可能面临更严厉的刑事处罚（如提高罚金比例、缩短缓刑适用条件）。

实务建议：

• 立即停止侵权行为，销毁侵权商品及工具，避免危害扩大；
  
• 主动与商标权人协商赔偿，争取达成和解并取得谅解书；
  
• 收集证明“危害后果轻微”及“减轻情节”的证据（如销售记录、整改措施、配合调查材料等）；
  
• 若面临行政处罚或刑事追责，及时委托律师介入，通过法律程序争取从轻、减轻或免除处罚。
  

如有具体案件细节（如侵权方式、经营额、前科情况等），可进一步向我咨询，我会结合证据为您分析处罚风险及应对策略。