结论：公司法人借款打进个人账户，并且有些款项未进公司账户却让公司直接支付给借款人，这种行为是否合法，需根据具体情况来判断，但通常存在较大的法律风险，可能涉及违反公司财务管理制度、税务规定以及可能构成挪用资金等违法行为。
分析如下：
公司财务管理制度角度：
- 公司应建立完善的财务管理制度，确保资金流动的透明性和合规性。法人作为公司的高级管理人员，应遵守公司的财务管理规定，不得将公司资金随意转入个人账户，或未经正规程序让公司支付个人债务。
- 如果法人违反公司财务管理制度，将公司资金用于个人用途，可能构成对公司财产的侵占或挪用，需要承担相应的法律责任。
税务规定角度：
- 公司资金与个人资金应严格区分，以避免税务上的混淆和风险。如果法人将公司资金转入个人账户，并用于个人消费或偿还个人债务，可能被视为个人收入，需要缴纳个人所得税。
- 同时，公司如果未按照规定记录和处理这些资金流动，可能面临税务机关的审查和处罚。
挪用资金等违法行为角度：
- 如果法人利用职务之便，将公司资金挪作他用，特别是用于个人用途或偿还个人债务，且数额较大、超过一定期限未归还，可能构成挪用资金罪等违法行为。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金罪是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
法律建议：
- 对于公司法人：应严格遵守公司财务管理制度和税务规定，不得将公司资金随意转入个人账户或用于个人用途。如有借款需求，应通过正规渠道向公司申请，并按照公司规定办理相关手续。
- 对于公司：应建立健全的财务管理制度，加强对资金流动的监管和审计。一旦发现法人存在违规行为，应及时采取措施予以纠正，并视情况追究其法律责任。
- 对于其他股东或利益相关者：如发现法人存在违规行为，应及时向公司管理层或相关部门报告，并寻求法律援助以维护自身权益。
可能后果：
- 如果法人的行为被认定为违法或违规，可能面临刑事处罚、民事赔偿以及行政处罚等后果。
- 公司也可能因法人的行为而遭受财务损失、声誉损害以及法律纠纷等风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。