村民集体资金上交违纪款能否返还，需分情况讨论，关键在于资金性质、上交程序及违纪行为认定等因素。具体分析如下：

1. 若违纪款属于村民集体资金被违规挪用或侵占，且已通过合法程序追缴
   根据《村民委员会组织法》及相关财务规定，村民集体资金属于全体村民共有，任何个人或组织不得非法侵占、挪用。若违纪款是因村干部或他人违规操作导致集体资金流失（如虚报支出、私分公款等），且已通过审计、纪检监察等合法程序追缴，则该款项应返还给村民集体，由村民会议或村民代表会议决定具体使用方式（如用于公共设施建设、分配给村民等）。
   法律依据：《村民委员会组织法》第二十四条、第三十二条明确规定，涉及村民利益的重大事项（包括集体资金使用）需经村民会议讨论决定，且村务应公开接受监督。

2. 若违纪款属于村民个人违规所得，或集体资金用于违规支出后被追缴
   若违纪款是村民个人通过违规手段获取（如骗取补贴、侵占集体资产等），或集体资金被用于非法活动（如赌博、行贿等）后被追缴，则该款项通常不会返还给个人或集体，而是依法上缴国库或由相关部门没收。例如，若村民通过虚假材料骗取国家补贴，补贴被追缴后需退还财政；若集体资金用于行贿，行贿款项被追缴后可能作为赃款处理。
   法律依据：《刑法》第六十四条、第三百八十九条（行贿罪）等条款对赃款处理有明确规定。

3. 若上交程序存在瑕疵，或违纪行为认定有争议
   若违纪款的上交未经过合法程序（如未召开村民会议、未公示追缴情况），或村民对违纪行为的认定存在异议（如认为资金使用虽不规范但未构成违纪），则可通过法律途径主张权利。例如，村民可向乡镇政府申请行政复议，或向法院提起行政诉讼，要求撤销违规追缴决定或确认资金归属。
   实践建议：在此类情况下，需收集证据（如会议记录、财务凭证、证人证言等）证明资金性质或程序瑕疵，以提高维权成功率。

总结：村民集体资金上交违纪款能否返还，需结合资金来源、使用性质、追缴程序及法律认定综合判断。若涉及集体资金被违规侵占，通常应返还；若属于个人违规所得或非法支出，则可能被没收。如有具体争议，建议提供详细情况进一步分析。