关于出借资质的公司借款给挂靠人用于挂靠项目，借款协议是否有效的问题，这并非一个简单的“有效”或“无效”的判断，而是需要结合具体情况来综合分析。以下是我从不同角度给出的详细解答：
协议内容合法性角度：
- 如果借款协议的内容本身不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，那么该协议在形式上可能是有效的。
- 然而，如果协议中涉及出借资质、挂靠等违法行为，或者协议内容存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议可能因违法或违背真实意思表示而被认定为无效。
出借资质合法性角度：
- 出借资质本身是一种违法行为，可能违反相关行业管理规定或法律法规。如果借款协议与出借资质行为紧密相关，且该行为被认定为违法，那么借款协议也可能因此受到牵连，被认定为无效或部分无效。
- 例如，如果挂靠人利用出借的资质进行非法活动，或者出借资质的行为导致项目无法合法进行，那么借款协议的目的和合法性就会受到质疑。
挂靠项目合法性角度：
- 挂靠项目本身如果合法，且借款协议仅涉及项目资金的借贷，不涉及其他违法行为，那么借款协议在项目合法的范围内可能是有效的。
- 但如果挂靠项目本身违法，如未经批准擅自建设、违反环保规定等，那么借款协议可能因项目违法而受到影响，甚至被认定为无效。
实际履行情况角度：
- 即使借款协议在形式上合法，但如果在实际履行过程中存在违法行为，如资金被用于非法目的、挂靠人未按照约定使用资金等，那么借款协议的实际效力也可能受到质疑。
- 此外，如果出借资质的公司或挂靠人在协议履行过程中存在违约行为，如未按时还款、未提供必要协助等，那么另一方有权依据协议约定或法律规定追究其责任。
法律建议：
- 在签订借款协议前，双方应充分了解并遵守相关法律法规和行业管理规定，确保协议内容合法、合规。
- 出借资质的公司应谨慎评估挂靠人的信誉和还款能力，避免因挂靠人违约或违法行为而遭受损失。
- 挂靠人应确保项目合法、可行，并按照约定使用借款资金，按时还款并履行其他义务。
- 如果双方对协议效力或履行过程中产生争议，应及时咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷。
可能法律后果：
- 如果借款协议被认定为无效或部分无效，双方可能需要根据过错程度承担相应的法律责任，如返还财产、赔偿损失等。
- 如果出借资质或挂靠行为违法，相关方可能面临行政处罚或刑事责任。
综上所述，出借资质的公司借款给挂靠人用于挂靠项目，借款协议的效力并非绝对，而是需要结合具体情况来综合分析。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。