信用卡逾期被扣工资款是否合法，需根据具体情况来判断，以下是详细分析：

1. 同行情况（信用卡与工资卡为同一家银行）

   • 合法性：若信用卡逾期时间较长（如超过90天）且欠款金额较大，且在多次催收无果的情况下，银行有权依据办卡协议中的相关条款，通过内部系统直接从工资卡中划扣资金以偿还信用卡欠款。但银行在划扣前通常会尝试与持卡人沟通协商，并告知相关情况。
   • 基本生活保障：在实际操作中，银行会考虑持卡人的基本生活需求，不会一次性将全部工资划扣完毕，而是会留出部分资金以保障持卡人的基本生活。

2. 跨行情况（信用卡与工资卡不是同一家银行）

   • 直接划扣限制：不同银行之间不能直接跨行划扣资金，因为各银行系统相互独立，不存在一方未经法定程序就直接从其他银行账户划款的权限。
   • 法律手段：若信用卡逾期时间过长且金额较大，银行可能会向法院提起诉讼或申请强制执行。一旦获得胜诉判决并进入强制执行阶段，法院有权要求相关银行配合执行工作，查询、冻结、划扣持卡人名下所有银行账户（包括工资卡）的资金。

3. 特殊约定或授权情况

   • 绑定自动还款：若信用卡与工资卡已绑定为自动还款账户，当信用卡到期未还时，银行将按照约定从工资卡中自动扣除相应款项。
   • 持卡人授权：若持卡人曾通过签订扣款协议等方式授权银行或第三方支付软件从工资卡中自动扣款，那么工资卡中的余额可能会被用于偿还信用卡欠款。

法律建议：

• 及时沟通：若信用卡逾期，持卡人应尽快与银行沟通，说明情况并寻求解决方案，如制定分期还款计划等，以避免银行采取进一步的法律手段。
• 审查协议：持卡人应仔细审查信用卡办卡协议，特别是关于银行扣划其他账户资金的条款，确保其合法性。如发现不当扣划行为，可向银行提出异议并要求纠正。
• 法律援助：若与银行协商无果，或银行采取了不当的扣划行为，持卡人可寻求法律援助，通过法律途径维护自身合法权益。

可能后果：

• 信用记录受损：信用卡逾期会影响持卡人的信用记录，对未来申请贷款、信用卡等金融服务造成不利影响。
• 额外费用：逾期还款可能会产生额外的利息、罚息等费用，增加持卡人的经济负担。
• 法律纠纷：若银行采取法律手段追讨欠款，持卡人可能面临诉讼、强制执行等法律纠纷，甚至可能被列入失信被执行人名单。

综上所述，信用卡逾期被扣工资款是否合法取决于多种因素。持卡人应了解自己的信用卡和工资卡情况，合理规划和使用信用卡，及时还款，以避免不必要的麻烦和风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。