结论：协商离职签字后，劳动者在特定情况下仍然有权申请劳动仲裁。具体能否成功以及仲裁的诉求会受到多种因素的影响，以下是对此问题的详细分析：
协议存在瑕疵或可撤销的情形：
- 重大误解或显失公平：若劳动者在签订离职协议时，对协议内容存在重大误解，或者协议内容显失公平（如用人单位利用优势地位迫使劳动者接受不合理的条款），劳动者有权请求撤销该协议，并基于原劳动关系中的争议事项申请劳动仲裁。例如，若协议中约定的经济补偿金远低于法定标准，劳动者可主张协议显失公平，进而申请仲裁要求合理补偿。
- 欺诈、胁迫或乘人之危：若用人单位以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使劳动者在违背真实意思的情况下签订离职协议，劳动者同样有权申请仲裁撤销该协议，并就相关劳动争议事项提出仲裁请求。
用人单位未履行协议约定的情形：
- 离职协议中可能包含关于工资支付、经济补偿金、社保缴纳等方面的约定。如果用人单位未按照协议约定履行义务，劳动者可以就这些未履行的部分申请劳动仲裁。例如，若协议约定用人单位应在离职后一个月内支付经济补偿金，但用人单位逾期未付，劳动者可就此申请仲裁要求用人单位履行支付义务。
协议未涵盖所有争议事项的情形：
- 即使离职协议合法有效，但若其中未涉及某些重要的劳动争议事项（如加班费、未休年假工资等），劳动者仍可就这些未涉及的事项申请劳动仲裁。例如，若离职协议中仅约定了经济补偿金，但未提及加班费问题，劳动者可就加班费事项单独申请仲裁。
协议内容违法或无效的情形：
- 如果离职协议的内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在其他导致协议无效的情形（如恶意串通损害国家、集体或第三人利益），那么该协议自始无效，劳动者当然可以基于原劳动关系中的争议事项申请劳动仲裁。例如，若协议中约定劳动者放弃所有劳动权益，包括但不限于工资、社保等，该条款因违反法律法规的强制性规定而无效，劳动者可就此申请仲裁维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁的注意事项：
- 时效问题：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，劳动者在发现权益受到侵害后，应及时申请仲裁，以免错过时效。
- 证据收集：劳动者在申请仲裁前，应尽可能收集与争议事项相关的证据，如劳动合同、工资条、工作记录、离职协议等。这些证据将有助于支持其仲裁请求。
- 明确仲裁请求：在申请仲裁时，劳动者应明确自己的仲裁请求，包括要求用人单位支付的金额、履行的义务等。同时，应提供充分的证据和理由来支持自己的请求。
- 遵循法律程序：劳动者在申请仲裁时，应遵循法律程序，按照仲裁委员会的要求提交相关材料，并按时参加仲裁庭审。
总结：协商离职签字后，劳动者在特定情况下仍然有权申请劳动仲裁。关键在于协议内容是否合法、有效，以及劳动者的权益是否得到充分保障。若协议存在瑕疵、用人单位未履行协议约定、协议未涵盖所有争议事项或协议内容违法，劳动者均可依法申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。