分公司承包经营协议在符合法律规定和公司章程的情况下是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
合法性基础
法律层面：我国法律并未禁止分公司进行承包经营。只要承包经营协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方意思表示真实，该协议就具有法律效力。例如，协议中约定的承包经营范围、期限、费用支付方式等条款，只要合法合规，都是受到法律保护的。
公司章程层面：分公司作为公司的分支机构，其经营活动应当遵循公司章程的规定。如果公司章程允许分公司进行承包经营，或者未对分公司承包经营作出禁止性规定，那么分公司签订承包经营协议就是符合公司内部规定的。
潜在风险与注意事项
主体资格问题：
- 分公司虽然不具有独立的法人资格，但通常具有营业执照，能够以自己的名义从事民事活动。然而，在签订承包经营协议时，仍需确保分公司具备签订该协议的主体资格，即分公司应当在营业执照核准的经营范围内从事经营活动。
- 如果承包经营协议涉及超出分公司经营范围的业务，可能需要经过公司总部的授权或批准，否则可能面临合同无效的风险。
协议内容合法性：
- 承包经营协议的内容应当合法合规，不得包含违法违规的条款。例如，协议中不得约定逃避税收、违反劳动法规等条款。
- 协议中的权利义务分配应当合理，避免出现显失公平的情况。否则，可能因违反公平原则而被法院或仲裁机构调整或撤销。
公司总部的管理与监督：
- 分公司作为公司的分支机构，其经营活动应当受到公司总部的管理与监督。在签订承包经营协议时，应当明确公司总部对分公司的管理权限和监督方式，确保分公司的经营活动符合公司的整体利益和战略规划。
- 如果公司总部对分公司的承包经营活动放任不管，可能导致分公司出现违法违规行为，进而损害公司的声誉和利益。
债权债务承担问题：
- 在承包经营期间，分公司产生的债权债务应当如何承担，是承包经营协议中需要明确的重要问题。一般来说，分公司产生的债务应当由公司总部承担，但协议中也可以约定由承包方承担部分或全部债务。然而，这种约定不得对抗第三人，即不得损害债权人的利益。
实际操作建议
- 在签订承包经营协议前，应当对公司章程和法律法规进行仔细研究，确保协议内容合法合规。
- 明确协议中的权利义务分配，避免出现显失公平的情况。
- 约定公司总部对分公司的管理权限和监督方式，确保分公司的经营活动符合公司的整体利益和战略规划。
- 在协议中明确债权债务的承担方式，并考虑如何保护债权人的利益。
如果你在分公司承包经营协议方面还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。