结论前置：
- 通常情况下，“旷工一天扣3天工资”的做法是不合法的，因为它可能违反了《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》中关于不得克扣劳动者工资的规定。
- 但在某些特定情况下，如果公司有合法、合理且经过员工同意或认可的规章制度，并在此制度中明确规定了此类处罚措施，且该规定不违反法律法规，那么这种做法可能是被允许的，不过这种情况较为少见且需严格满足条件。
详细分析：
法律依据层面
《劳动法》相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着用人单位在支付工资时，必须按照法定标准和约定条件进行，不能随意扣除劳动者的工资。旷工一天扣三天工资，显然超出了对旷工当天未提供劳动的合理对应措施，属于无故克扣工资的行为。
《工资支付暂行规定》要求：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天扣三天工资的做法，通常远超出了劳动者可能给用人单位造成的实际经济损失，也违反了这一规定中关于扣除比例和最低工资标准的限制。
合理性层面
不符合公平原则：
- 劳动者旷工一天，其损失主要是当天的劳动产出和可能对工作安排造成的影响。扣除三天的工资远远超过了其实际造成的损失，对劳动者来说是不公平的。例如，某员工因家庭突发情况旷工一天，这一天他可能未能完成部分工作任务，但公司直接扣除三天工资，显然与他的过错程度不相匹配。
不利于劳动关系稳定：
- 这种不合理的扣款规定容易引发劳动者的不满和抵触情绪，导致劳动关系紧张。劳动者可能会认为公司缺乏人性化管理，从而降低工作积极性，甚至选择离职。这不利于企业的长期发展和劳动关系的和谐稳定。
用人单位合理的处理方式
制定明确的规章制度：
- 用人单位应依法制定完善的考勤管理制度，明确旷工的定义、处理方式和相应的后果。这些制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示，确保劳动者知晓并遵守。例如，公司可以通过职工代表大会讨论并通过旷工处理的条款，明确规定旷工一天将扣除当天工资并给予警告处分；旷工累计达到一定天数将解除劳动合同。
合理确定扣款金额：
- 如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以根据实际情况，在符合法律规定的前提下，从劳动者工资中扣除相应的赔偿费用。但扣除的金额应当合理且与实际损失相适应。例如，员工旷工导致公司项目进度受阻，公司经过评估确定损失金额后，可以从员工工资中扣除相应赔偿，但需确保扣除金额不超过法定限制。
建议与操作指南：
协商与沟通：
- 如果公司存在此类违法扣薪的情况，劳动者首先应与公司进行协商，要求其按照法律规定支付工资。在协商过程中，劳动者可以明确指出公司扣薪行为的违法性，并要求公司纠正。
投诉与仲裁：
- 若协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据证明公司的扣薪行为违法，如工资条、考勤记录、公司规章制度等。
法律咨询：
- 在处理此类问题时，如果劳动者对法律条款或程序有疑问，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助，确保劳动者的权益得到充分保障。
综上所述，“旷工一天扣3天工资”的做法在大多数情况下是不合法的。公司在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并充分尊重员工的权益。而劳动者在遇到类似问题时，也应积极维护自己的合法权益。