车辆发生自燃事故，保险公司负责赔偿的主要原因通常包括以下几种情况：

1. 保险合同中明确约定了自燃损失险
   如果车主在投保时购买了“自燃损失险”这一附加险种，那么在车辆因自身原因（如电路老化、油路故障等）发生自燃时，保险公司将按照合同约定承担赔偿责任。需要注意的是，自燃损失险通常作为车损险的附加险存在，需单独投保。

2. 自燃事故属于车损险的保障范围（部分情况）
   在部分保险条款中，若自燃是由外部火源引发（如邻车起火蔓延至被保险车辆），且符合车损险中“火灾”的定义，则可能被纳入车损险的赔偿范围。但需注意，单纯因车辆自身原因导致的自燃，通常需依赖自燃损失险才能获赔。

3. 存在第三方责任导致自燃
   若自燃事故是由第三方行为（如他人故意纵火、碰撞后引发火灾）导致，且第三方被认定需承担责任，此时车主可先通过车损险获赔，再由保险公司向第三方追偿；或直接要求第三方赔偿。

4. 未尽到维护义务但保险公司未明确免责
   若车辆自燃因车主未及时保养（如长期未更换老化线路）导致，但保险合同中未将此类情形列为免责条款，保险公司仍可能需承担部分赔偿责任。不过，实践中保险公司常通过免责条款排除此类风险，需具体分析合同条款。

需注意的免责情形（保险公司通常不赔）：

• 车辆未按规定年检或年检不合格；
  
• 车主擅自改装电路、油路等导致自燃；
  
• 车辆因违法违规行为（如超载、运输易燃易爆物品）引发自燃。

建议：若车辆发生自燃，车主应立即报警并联系保险公司，保留现场照片、消防证明等证据，以便后续理赔。如有争议，可进一步向我咨询具体条款解读或维权策略。