在行政复议机关发出补正通知书要求重新撰写复议申请书的情况下，应以新提交的复议申请为准。以下是对此问题的详细分析：

1. 补正通知书的法律意义：

   • 补正通知书是行政复议机关在审查复议申请时，发现申请材料不齐全或不符合法定形式时，向申请人发出的要求补充或修正材料的通知。
   • 其目的在于确保复议申请的完整性和合规性，以便行政复议机关能够准确、高效地处理复议案件。

2. 重新撰写复议申请书的法律效果：

   • 当申请人收到补正通知书并按照要求重新撰写复议申请书后，新提交的复议申请书即成为行政复议机关审查的对象。
   • 新申请书应包含所有必要的信息和证据，以支持申请人的复议请求。它取代了原先提交的、存在缺陷或不足的复议申请书。

3. 以新申请为准的法律依据和逻辑：

   • 从法律程序的角度来看，补正通知书是对原申请的一种修正或完善要求。申请人按照要求补正后，新提交的申请即成为新的、完整的申请。
   • 行政复议机关在审查时，会以新提交的、符合法定要求的复议申请书为依据，而不是原先存在缺陷的申请书。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 申请人在收到补正通知书后，应仔细阅读通知书中的要求，确保新撰写的复议申请书完全符合行政复议机关的要求。
   • 新申请书应明确、具体地阐述复议请求、事实和理由，并提供充分的证据支持。
   • 申请人还应注意保留好新申请书的副本和相关证据，以备后续需要。

建议：在行政复议过程中，申请人应密切关注行政复议机关的通知和要求，及时、准确地补正材料或撰写新的复议申请书。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你具体情况提供专业的法律意见。